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拉格朗日啊

银虫 (正式写手)

[求助] 测序结果分析已有3人参与

求虫友帮助 鉴定某菌(不知是真菌还是细菌)
我用16SrDNA通用引物提取,然后PCR,送去测序。正向测序结果是双峰,反向测序结果良好。我用反向测序结果在NCBI上blast,选取同源性较高的一些种类。用MEGA6.0建立发育树,结果如图,求解

测序结果分析
16s7.PNG
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看一下bootstrap consensus tree的情况

发自小木虫IOS客户端
2楼2017-09-07 07:08:58
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曲水流

新虫 (小有名气)

不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

发自小木虫Android客户端
3楼2017-09-07 16:31:49
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拉格朗日啊

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 曲水流 at 2017-09-07 16:31:49
不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

想用16s,its来分析它是真菌还是细菌
4楼2017-09-07 16:34:13
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拉格朗日啊

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2017-09-07 07:08:58
看一下bootstrap consensus tree的情况

这个吗?
测序结果分析-1
捕获.PNG

5楼2017-09-07 16:34:56
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欧易

新虫 (小有名气)

6楼2017-09-09 00:00:36
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想你的夏季1

新虫 (小有名气)

这树都没有数值的  建树方法不对吧

发自小木虫Android客户端
7楼2017-09-16 03:18:11
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WY小悦儿

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 想你的夏季1 at 2017-09-16 03:18:11
这树都没有数值的  建树方法不对吧

我用的MEGA6版本的。上面建树也没有数字。咋回事呀。
测序结果分析-2



发自小木虫Android客户端
8楼2017-09-27 16:41:57
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

通常细菌16S序列建树是为了看未知的种大致能聚到哪一已知的类群,所以选择合适的近缘种和外群组作为参照很重要,可以选择几个同属但不同种的,再选若干其他近缘属的作为外群组,这样的比对效果才好。如果你测序的质量和拼装质量都过关的话,从你的树大致判断很可能是参照序列选择的不合适。
9楼2017-10-07 05:45:41
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小笨蛋235

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1楼: Originally posted by 拉格朗日啊 at 2017-09-06 22:38:49
求虫友帮助 鉴定某菌(不知是真菌还是细菌)
我用16SrDNA通用引物提取,然后PCR,送去测序。正向测序结果是双峰,反向测序结果良好。我用反向测序结果在NCBI上blast,选取同源性较高的一些种类。用MEGA6.0建立发育 ...

你好,冒昧的问一下,楼主的送去的是哪家公司?不知需要多少钱?

发自小木虫Android客户端
10楼2017-12-23 23:28:59
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