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小马科研部落

新虫 (小有名气)

[交流] R语言之初体验,导个数据,画个图已有6人参与

每天都学一点点,每天都进步一点点。
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之前以为R跟SPSS一样是一个统计软件,
由于不小心跨行到基因测序行业,发现在生物信息分析的某端,序列拼接、注释完后,竟然需要R软件来分析、作图。
由于在技术支持岗位上,万一以后有客户咨询到图是怎么做的,万一答不出来,就“惨”喽!
而公司又没有培训,只能自己自学R语言。
毕竟有点SPSS基础,所以对于R语言的统计分析还算是比较容易上手。
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与SPSS的鼠标操作相比,R语言需要输入代码,但是运行速度很快。
简单的一个代码/命令,就可以省略SPSS的“点点点点点”。
唯一的缺点就是要记代码。
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R的下载、安装就不说了。跟普通软件的安装一样。

对于SPSS来说,拿到数据后,把数据导入,之后进行运算处理。R语言也一样。
但要注意2点:
1 路径。
在【文件】--【改变工作目录】中,修改到 数据所在的目录。
假设你的数据在D:\data里面,那么工作目录就改为 D:\data。
改变好了路径后,可以用【getwd()】这个命令来看一下当前工作路径。

2 数据格式。
xls的格式R 是不认的,需要将其转为csv格式。用read.csv来带入。
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做完上面的准备,就可以用R做普通分析和画图了。
以【数量生态学—R语言】中的数据为例,画个图。

由于数据中有3列,第一列为样本名称,一般第一列应该是样本名,所以应该用row.names=1

由于有的数据行数比较多,你想看一下有多少行,可以用这个命令:dim()
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画个图
其中main为图片的主题,xlab为横坐标,ylab为纵坐标。
plot(spa,main='地图',xlab='x轴',ylab='y轴')

图上的点的标志也都可以换。如pch=2
plot(spa,main='地图',xlab='x轴',ylab='y轴',pch=2,col='red')
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具体换法如下图所示

当然,也可以在图中加上线
lines(spa,col='blue') 记住,为lines,有S。

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可以把每个样本的编号标上。
text(spa,row.names(spa),cex=0.8,col='black')

由于该图,是由画大框、连线、标字母,3部分组成。
为了怕出错,可以将代码写入notepad++,将3行代码,直接复制到R中运行。
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具体的图片,可以去微信公众号【小马科研部落】里查看。
每天学习一点点,进步一点点。

R语言之初体验,导个数据,画个图
加点的注释.png
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deephill

铁杆木虫 (职业作家)

送红花一朵
顶个
2楼2017-09-04 23:06:04
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一个人不够

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主有没有包的介绍呀?我最近在学R包的muma,学不会。。。
3楼2017-09-12 20:26:15
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小马科研部落

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 一个人不够 at 2017-09-12 20:26:15
楼主有没有包的介绍呀?我最近在学R包的muma,学不会。。。

这个我还没有用到哈,我主要学习跟二代高通量测序相关的分析。
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4楼2017-09-14 16:23:27
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雪竹小木虫

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我想问一下亲爱的楼主,R语言能分析差异表达基因吗?跪求!急!

发自小木虫Android客户端
5楼2017-10-17 21:04:58
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8023zx

新虫 (小有名气)



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Excel格式文件R是可以识别的吧?

发自小木虫Android客户端
6楼2017-12-01 19:58:33
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小马科研部落

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 8023zx at 2017-12-01 19:58:33
Excel格式文件R是可以识别的吧?

可以识别的,excel格式存为csv,在R语言用read.csv进行调用

发自小木虫IOS客户端
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7楼2017-12-01 21:51:13
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Ding之弟

银虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主请问有《数量生态学—R语言》的资源吗?
翻滚吧,培养基
8楼2018-10-26 23:00:17
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qqloving

铁虫 (小有名气)


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引用回帖:
5楼: Originally posted by 雪竹小木虫 at 2017-10-17 21:04:58
我想问一下亲爱的楼主,R语言能分析差异表达基因吗?跪求!急!

太多了,limma包就是分析microarray的差异表达基因

发自小木虫IOS客户端
9楼2018-10-26 23:26:38
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