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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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hakuna

木虫 (知名作家)

[求助] 大家瞅瞅这g09是怎么死的？先谢过了！out文件里就这么多内容已有1人参与

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=thf-bh3.com
Output=thf-bh3.log
Initial command:
/home/g09/l1.exe "/home/g09/scratch/Gau-3927.inp" -scrdir="/home/g09/scratch/"
Entering Link 1 = /home/g09/l1.exe PID=      3930.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
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Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                 7-Jan-2017
******************************************
%chk=thf-bh3.chk
-----------------------------------------
# opt freq m062x/6-311g geom=connectivity
-----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
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99//99;
2/9=110/2;
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5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=3/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                    -2.96774  -1.3871    0.
O                    -1.53737  -1.3871    0.
C                    -1.03538  -0.04771   0.
C                    -2.21194   0.92246  0.
C                    -3.46329   0.0551   0.
H                    -3.2919   -1.94608  -0.91513
H                    -3.2919   -1.94608   0.91513
H                    -0.39854   0.05979   0.91536
H                    -0.39854   0.05979  -0.91536
H                    -2.18055   1.58165   0.9019
H                    -2.18055   1.58165  -0.90191
H                    -4.09157   0.25706   0.9019
H                    -4.09157   0.25706  -0.90191
B                    -0.72998  -2.51194  -0.41469
H                     0.28887  -2.50548   0.18055
H                    -1.3094   -3.51543  -0.19178
H                    -0.51027  -2.43322  -1.57138


GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                           ----------------------------
                           !    Initial Parameters    !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
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! R2    R(1,5)                  1.525          estimate D2E/DX2                !
! R3    R(1,6)                  1.1203         estimate D2E/DX2                !
! R4    R(1,7)                  1.1203         estimate D2E/DX2                !
! R5    R(2,3)                  1.4304         estimate D2E/DX2                !
! R6    R(2,14)                 1.4454         estimate D2E/DX2                !
! R7    R(3,4)                  1.525          estimate D2E/DX2                !
! R8    R(3,8)                  1.1203         estimate D2E/DX2                !
! R9    R(3,9)                  1.1203         estimate D2E/DX2                !
! R10   R(4,5)                  1.5226         estimate D2E/DX2                !
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! R13   R(5,12)                 1.1176         estimate D2E/DX2                !
! R14   R(5,13)                 1.1176         estimate D2E/DX2                !
! R15   R(14,15)                1.18           estimate D2E/DX2                !
! R16   R(14,16)                1.18           estimate D2E/DX2                !
! R17   R(14,17)                1.18           estimate D2E/DX2                !
! A1    A(2,1,5)              108.9629         estimate D2E/DX2                !
! A2    A(2,1,6)              106.8196         estimate D2E/DX2                !
! A3    A(2,1,7)              106.8196         estimate D2E/DX2                !
! A4    A(5,1,6)              112.2011         estimate D2E/DX2                !
! A5    A(5,1,7)              112.2012         estimate D2E/DX2                !
! A6    A(6,1,7)              109.5484         estimate D2E/DX2                !
! A7    A(1,2,3)              110.5455         estimate D2E/DX2                !
! A8    A(1,2,14)             123.9592         estimate D2E/DX2                !
! A9    A(3,2,14)             122.1875         estimate D2E/DX2                !
! A10   A(2,3,4)              108.9629         estimate D2E/DX2                !
! A11   A(2,3,8)              106.8196         estimate D2E/DX2                !
! A12   A(2,3,9)              106.8196         estimate D2E/DX2                !
! A13   A(4,3,8)              112.1817         estimate D2E/DX2                !
! A14   A(4,3,9)              112.1816         estimate D2E/DX2                !
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! A18   A(3,4,11)             110.7068         estimate D2E/DX2                !
! A19   A(5,4,10)             111.045          estimate D2E/DX2                !
! A20   A(5,4,11)             111.0451         estimate D2E/DX2                !
! A21   A(10,4,11)            107.6128         estimate D2E/DX2                !
! A22   A(1,5,4)              105.7644         estimate D2E/DX2                !
! A23   A(1,5,12)             110.7069         estimate D2E/DX2                !
! A24   A(1,5,13)             110.7069         estimate D2E/DX2                !
! A25   A(4,5,12)             111.045          estimate D2E/DX2                !
! A26   A(4,5,13)             111.045          estimate D2E/DX2                !
! A27   A(12,5,13)            107.6128         estimate D2E/DX2                !
! A28   A(2,14,15)            109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A29   A(2,14,16)            109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A30   A(2,14,17)            109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A31   A(15,14,16)           109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A32   A(15,14,17)           109.4712         estimate D2E/DX2                !
! A33   A(16,14,17)           109.4712         estimate D2E/DX2                !
! D1    D(5,1,2,3)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D2    D(5,1,2,14)          -159.7629         estimate D2E/DX2                !
! D3    D(6,1,2,3)            121.4173         estimate D2E/DX2                !
! D4    D(6,1,2,14)           -38.3456         estimate D2E/DX2                !
! D5    D(7,1,2,3)           -121.4173         estimate D2E/DX2                !
! D6    D(7,1,2,14)            78.8197         estimate D2E/DX2                !
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! D10   D(6,1,5,4)           -118.0794         estimate D2E/DX2                !
! D11   D(6,1,5,12)           121.5484         estimate D2E/DX2                !
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! D13   D(7,1,5,4)            118.0794         estimate D2E/DX2                !
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! D16   D(1,2,3,4)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D17   D(1,2,3,8)            121.3939         estimate D2E/DX2                !
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! D24   D(1,2,14,17)           90.0            estimate D2E/DX2                !
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! D26   D(3,2,14,16)          172.5026         estimate D2E/DX2                !
! D27   D(3,2,14,17)          -67.4974         estimate D2E/DX2                !
! D28   D(2,3,4,5)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D29   D(2,3,4,10)           120.3722         estimate D2E/DX2                !
! D30   D(2,3,4,11)          -120.3722         estimate D2E/DX2                !
! D31   D(8,3,4,5)           -118.0675         estimate D2E/DX2                !
! D32   D(8,3,4,10)             2.3047         estimate D2E/DX2                !
! D33   D(8,3,4,11)           121.5603         estimate D2E/DX2                !
! D34   D(9,3,4,5)            118.0675         estimate D2E/DX2                !
! D35   D(9,3,4,10)          -121.5603         estimate D2E/DX2                !
! D36   D(9,3,4,11)            -2.3047         estimate D2E/DX2                !
! D37   D(3,4,5,1)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D38   D(3,4,5,12)           120.1512         estimate D2E/DX2                !
! D39   D(3,4,5,13)          -120.1512         estimate D2E/DX2                !
! D40   D(10,4,5,1)          -120.1511         estimate D2E/DX2                !
! D41   D(10,4,5,12)            0.0            estimate D2E/DX2                !
! D42   D(10,4,5,13)          119.6977         estimate D2E/DX2                !
! D43   D(11,4,5,1)           120.1511         estimate D2E/DX2                !
! D44   D(11,4,5,12)         -119.6977         estimate D2E/DX2                !
! D45   D(11,4,5,13)           -0.0001         estimate D2E/DX2                !
--------------------------------------------------------------------------------
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
Number of steps in this run=    102 maximum allowed number of steps=    102.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                          Input orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -2.967742   -1.387097    0.000000
      2          8           0       -1.537371   -1.387097    0.000000
      3          6           0       -1.035380   -0.047707    0.000000
      4          6           0       -2.211935    0.922460   -0.000001
      5          6           0       -3.463286    0.055102   -0.000001
      6          1           0       -3.291903   -1.946076   -0.915132
      7          1           0       -3.291903   -1.946076    0.915132
      8          1           0       -0.398541    0.059792    0.915360
      9          1           0       -0.398541    0.059792   -0.915360
     10          1           0       -2.180548    1.581652    0.901902
     11          1           0       -2.180546    1.581651   -0.901905
     12          1           0       -4.091565    0.257056    0.901902
     13          1           0       -4.091565    0.257055   -0.901905
     14          5           0       -0.729983   -2.511936   -0.414687
     15          1           0        0.288867   -2.505484    0.180546
     16          1           0       -1.309399   -3.515425   -0.191782
     17          1           0       -0.510266   -2.433217   -1.571375
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  O    1.430371   0.000000
     3  C    2.351167   1.430371   0.000000
     4  C    2.430082   2.406053   1.524961   0.000000
     5  C    1.524960   2.406052   2.430082   1.522560   0.000000
     6  H    1.120270   2.056285   3.087583   3.198796   2.207159
     7  H    1.120270   2.056285   3.087583   3.198796   2.207160
     8  H    3.087421   2.056284   1.120270   2.206916   3.198526
     9  H    3.087421   2.056284   1.120270   2.206915   3.198526
    10  H    3.201027   3.168687   2.186241   1.117564   2.188424
    11  H    3.201027   3.168686   2.186240   1.117564   2.188425
    12  H    2.186240   3.168686   3.201027   2.188424   1.117564
    13  H    2.186240   3.168687   3.201028   2.188425   1.117564
    14  B    2.538660   1.445374   2.517471   3.763406   3.772612
    15  H    3.448027   2.149077   2.797659   4.247047   4.546191
    16  H    2.704933   2.149077   3.483811   4.532789   4.174287
    17  H    3.098835   2.149077   2.904415   4.077434   4.169086
                    6          7          8          9         10
     6  H    0.000000
     7  H    1.830264   0.000000
     8  H    3.968092   3.520660   0.000000
     9  H    3.520660   3.968092   1.830720   0.000000
    10  H    4.120872   3.698669   2.343456   2.965476   0.000000
    11  H    3.698668   4.120873   2.965476   2.343454   1.803807
    12  H    2.965613   2.343806   3.698313   4.120653   2.325197
    13  H    2.343805   2.965614   4.120654   3.698313   2.942832
    14  B    2.670970   2.941437   2.914218   2.640893   4.538173
    15  H    3.786207   3.697901   2.755562   2.873009   4.829394
    16  H    2.629908   2.760152   3.851961   3.759708   5.285380
    17  H    2.899218   3.762649   3.522986   2.580297   5.002611
                   11         12         13         14         15
    11  H    0.000000
    12  H    2.942833   0.000000
    13  H    2.325199   1.803807   0.000000
    14  B    4.370237   4.549831   4.382343   0.000000
    15  H    4.896363   5.228783   5.290700   1.180000   0.000000
    16  H    5.219517   4.813336   4.740921   1.180000   1.926932
    17  H    4.399681   5.116676   4.528958   1.180000   1.926932
                   16         17
    16  H    0.000000
    17  H    1.926932   0.000000
Stoichiometry    C4H11BO
Framework group  C1[X(C4H11BO)]
Deg. of freedom    45
Full point group                 C1      NOp   1
Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -0.033972    1.179556   -0.073360
      2          8           0        0.787662    0.011453   -0.153452
      3          6           0       -0.012600   -1.171514   -0.075154
      4          6           0       -1.476959   -0.770613    0.067801
      5          6           0       -1.490798    0.751884    0.068963
      6          1           0        0.323090    1.767004    0.811183
      7          1           0        0.145200    1.766777   -1.010415
      8          1           0        0.176874   -1.753740   -1.013299
      9          1           0        0.354808   -1.753513    0.808753
     10          1           0       -2.082361   -1.176805   -0.779221
     11          1           0       -1.907040   -1.176582    1.016046
     12          1           0       -2.103496    1.148295   -0.777446
     13          1           0       -1.928176    1.148520    1.017820
     14          5           0        2.205983    0.001349    0.124701
     15          1           0        2.728133   -0.834486   -0.524251
     16          1           0        2.667095    1.053655   -0.144426
     17          1           0        2.380635   -0.223370    1.269864
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):      6.6243349      3.1071931      2.2957684
Standard basis: 6-311G (5D, 7F)
There are   111 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   111 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   111 basis functions,   211 primitive gaussians,   111 cartesian basis functions
    24 alpha electrons       24 beta electrons
       nuclear repulsion energy       258.1240915411 Hartrees.
NAtoms=   17 NActive=   17 NUniq=   17 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   111 RedAO= T EigKep=  1.47D-03  NBF=   111
NBsUse=   111 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   111
ExpMin= 9.89D-02 ExpMax= 8.59D+03 ExpMxC= 1.30D+03 IAcc=2 IRadAn=         4 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 1009 and IRadAn=       4 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor= 1009 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         4 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
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1楼2017-03-24 22:33:25
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Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从输出文件看没什么问题，确定输出文件没有下文了（太奇怪了，你的分子量也很小）。
个人建议先试一下 sto-3g测试下（应该不是基组的问题），对了# opt freq m062x/6-311g geom=connectivity 前面
加上p 像#p opt ......
再看一下输出文件时什么样
赞一下 回复此楼
3楼2017-03-25 00:08:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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熊猫TV
..

发自小木虫Android客户端
2楼2017-03-24 23:52:19
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Yan_Jordan at 2017-03-25 00:08:13
从输出文件看没什么问题，确定输出文件没有下文了（太奇怪了，你的分子量也很小）。
个人建议先试一下 sto-3g测试下（应该不是基组的问题），对了# opt freq m062x/6-311g geom=connectivity 前面
加上p 像#p opt ...

谢谢你的关注！
1. OUT文件里的确就这么点儿内容
2.只有分子力学不死，其它如PM6或B3LYP之类的，随便什么基组都是，死相都差不多
3.在windows下跑倒是没有什么问题，Linux下就不行（都是D01的版本）
4.linux下跑其它任务是没问题的，所以很郁闷，第一次尝试着拿gaussian干点有用的东西，以前只玩玩，没遇到过这死相
赞一下 回复此楼
4楼2017-03-26 18:23:48
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Yan_Jordan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hakuna: 金币+20, 感谢你的热心帮助！ 2017-03-27 18:45:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2017-03-26 18:23:48
谢谢你的关注！
1. OUT文件里的确就这么点儿内容
2.只有分子力学不死，其它如PM6或B3LYP之类的，随便什么基组都是，死相都差不多
3.在windows下跑倒是没有什么问题，Linux下就不行（都是D01的版本）
4.l ...

我比较好奇你的这个情况，所以通过你的out文件，我提取了下信息，做了个gjf文件，在我的机器上算了下（linux，在服务器上算的），没问题啊。gjf文件如下：
%nprocshared=12
%mem=10GB
%chk=test.chk
#p opt freq m062x/6-311g

test

0 1
C                    -2.96774  -1.3871    0.
O                    -1.53737  -1.3871    0.
C                    -1.03538  -0.04771   0.
C                    -2.21194   0.92246  0.
C                    -3.46329   0.0551   0.
H                    -3.2919   -1.94608  -0.91513
H                    -3.2919   -1.94608   0.91513
H                    -0.39854   0.05979   0.91536
H                    -0.39854   0.05979  -0.91536
H                    -2.18055   1.58165   0.9019
H                    -2.18055   1.58165  -0.90191
H                    -4.09157   0.25706   0.9019
H                    -4.09157   0.25706  -0.90191
B                    -0.72998  -2.51194  -0.41469
H                     0.28887  -2.50548   0.18055
H                    -1.3094   -3.51543  -0.19178
H                    -0.51027  -2.43322  -1.57138

我得到了最后的计算结果，你应该能下载到附件。

我个人觉得太奇怪了，难道是还是配置的问题？！我用的也是G09.
对于这个测试结果我也不知道怎么解释了。我只能帮你到这了。
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  • 附件 1 : test.fchk
    • 2017-03-26 20:43:40, 350.38 K
  • 附件 2 : test.out
    • 2017-03-26 20:45:31, 995.68 K
5楼2017-03-26 20:46:13
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