【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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pancumt

银虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学模拟扩散

在用MS做分子动力学模拟扩散时需要绘制扩散的运动轨迹图和扩散的位移和时间关系图(见附件),哪位大神能否指点一下这两幅图该如何生成

分子动力学模拟扩散
轨迹图.png


分子动力学模拟扩散-1
位移-时间图.png
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wly522

至尊木虫 (著名写手)

第二个用vmd导出数据后在origin里处理下就出来了,第一个不知道

发自小木虫Android客户端
There are 3 things that you can never get back: Time that wasted; Words that were spoken, and the opportunities that were not taken.
2楼2017-02-23 17:59:14
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pancumt

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wly522 at 2017-02-23 17:59:14
第二个用vmd导出数据后在origin里处理下就出来了,第一个不知道

刚接触MS,vmd是什么,能不能给说一下具体的步骤,万分感谢!!!
3楼2017-02-24 16:18:27
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pancumt

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wly522 at 2017-02-23 17:59:14
第二个用vmd导出数据后在origin里处理下就出来了,第一个不知道

刚接触MS,vmd是什么,能不能给说一下具体的步骤,万分感谢!!!
4楼2017-02-24 16:18:59
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zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by pancumt at 2017-02-24 16:18:59
刚接触MS,vmd是什么,能不能给说一下具体的步骤,万分感谢!!!...

这两张图都可以根据在模拟过程中输出的 原子坐标,用origin或excel绘制。
5楼2017-02-26 09:17:21
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pancumt

银虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zs806750658 at 2017-02-26 09:17:21
这两张图都可以根据在模拟过程中输出的 原子坐标,用origin或excel绘制。...

你好,能不能说一下具体步骤,如果可以的话可不可以加一下我QQ:792580355,希望可以和你交流一下
6楼2017-02-26 09:53:16
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土匪_书生

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

7楼2017-02-26 13:48:33
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zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by pancumt at 2017-02-26 09:53:16
你好,能不能说一下具体步骤,如果可以的话可不可以加一下我QQ:792580355,希望可以和你交流一下...

我不知道如何用MS输出原子坐标的具体步骤,只知道可以用perl脚本编写小程序用于提取轨迹文件中的原子坐标
8楼2017-02-26 20:09:45
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江Jeremy

新虫 (初入文坛)

楼主   你好  能够请教你一些关于分子动力学方面的问题吗
9楼2017-02-27 16:02:19
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zhangfrank

金虫 (正式写手)

这个体系是在supercell中只有一个原子么?
扩散的位移  具体是什么意思 上个step的坐标到下个step的坐标?
计算顺利点吧
10楼2017-02-27 21:27:16
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