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关于MEGA制作进化树的问题，求救！！！1已有1人参与
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本人在做关于白色念珠菌的MLST分型，目前已获得等位基因及DST序列号，现在卡在了mega制作进化树和eburst同源分析上. 1.我在尝试不同软件制作进化树，结果发现都有较大差异，文献上大多数人都是用mega软件，我也用文献上他们的数据再用MEGA制作系统发育树， 结果发现和他们生成的树都不一样？请问老师这个该怎么解释啊？ 2.由于白色念珠菌时二倍体生物，在制作系统进化树的时候需要考虑杂合性吗？我要制作UPGMA系统发育树，参数需要调整吗？bootstrap，我选了1000次，如图1,但是 pattern among lineage,我该选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）？我分别都选了，并且用research的一篇文献的数据做了进化树去比较，图2 为选same(homogeneous)制作的图，图3为选different（heterogeneous），图4为文献原图，图5我用另外的MLSTtest软件制作的图。但我发现不管选pattern among lineage选same(homogeneous)，还是different（heterogeneous）和原图都差距较大，而MLSTtest相对较小一点，请问我怎么做啊？ 3.关于进化分支CLADE的问题，我看文献都是说和以前定义的18大分支去比对，把数据下载下来一起构建系统进化树，Pdistance取0.04,而得出菌株属于哪个分支吗？但是我 把pubmlst的整个数据库都下载下来，也没有看到他们分支clade的情况，如 图6，图7.我想问下你们在做进化分支的时候，是怎么做的啊？谢谢！  图1.jpg  图2（same(homogeneous).jpg  图3（different（heterogeneous）.jpg  图4（文献原图）.jpg  图5MLSTEST.jpg  图6.jpg  图7.jpg@wizardfan |
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