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1楼2016-08-02 10:45:49

qyj2006

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这那里看的清啊

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2楼2016-08-02 15:26:31

pymol

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【答案】应助回帖

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内存太小，换个大点内存条

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3楼2016-08-03 10:01:38

王金菊

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引用回帖:

3楼: Originally posted by pymol at 2016-08-03 10:01:38
内存太小，换个大点内存条

内存挺大的，算别的分子都没问题，就是这个不行

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4楼2016-08-04 16:58:01

zhang8343120

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【答案】应助回帖

你的问题解决了吗？我分析dlg文件时出现和你差不多的错误，但也有点不同
Python 2.5.6 (r256:88840, Nov  6 2012, 15:29:26)
[GCC 4.1.2 20061115 (prerelease) (Debian 4.1.1-21)] on linux2
Type "copyright", "credits" or "license()" for more information.

****************************************************************
Personal firewall software may warn about the connection IDLE
makes to its subprocess using this computer's internal loopback
interface.  This connection is not visible on any external
interface and no data is sent to or received from the Internet.
****************************************************************

IDLE 1.2.6    ==== No Subprocess ====
>>> ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/Pmv/displayCommands.py", line 643, in doit
geomC = mol.geomContainer
AttributeError: Protein instance has no attribute 'geomContainer'
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/Pmv/colorCommands.py", line 508, in doit
ColorCommand.doit(self, nodes, colors, geomsToColor)
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/Pmv/colorCommands.py", line 122, in doit
if not mol.geomContainer.geoms.has_key(gName): continue
AttributeError: Protein instance has no attribute 'geomContainer'
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/Pmv/colorCommands.py", line 122, in doit
if not mol.geomContainer.geoms.has_key(gName): continue
AttributeError: Protein instance has no attribute 'geomContainer'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
d.readDlg(dlgFile)
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Docking.py", line 105, in readDlg
self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'
exception in _buildInputLig
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py", line 898, in tryto
result = command( *args, **kw )
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
d.readDlg(dlgFile)
  File "/home/zhang8343120/autodock/mgltools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Docking.py", line 105, in readDlg
self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

5楼2017-02-16 21:33:04

1215216349

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引用回帖:

4楼: Originally posted by 王金菊 at 2016-08-04 16:58:01
内存挺大的，算别的分子都没问题，就是这个不行
...

你好，你都对接成功了，应该能解答我的一点小疑问吧？
在运行autogrid程序的时候，报错can't open or find receptor,其它帖子里说这是文件路径设置出现问题，该文件存放在C:\Users\1\Desktop\1HSG，工作环境也在C:\Users\1，对照中文教程，发现有一步指定默认路径没做，请问在win系统下怎么实现这个呢？

Nice to meet you!

6楼2017-04-14 16:49:06

1253409599

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专业: 药物分析

您好，有关autodock结果分析，我和您出现了一样的问题，在最后Analyze-docking-showinteractions的时候出现错误。请问您的问题是否解决，想向您请教一下如何解决，十分感谢。

7楼2017-08-13 19:59:39