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yongxinw

新虫 (正式写手)

[交流] 唤醒沉睡在玻片中的秘密已有1人参与

什么是NanoString?
NanoString技术是NanoString公司研发的荧光条形码标记的单分子检测技术,可同时检测12个样本800个基因的mRNA表达情况,且定量精准而颇受瞩目。
总的来说,这货是检测样本中mRNA的,可能你要问了检测mRNA技术的手段那么多,这货有什么特别地方哇(⊙o⊙)?

年轻人,不要着急嘛~~先给大家说说它的技术原理哈

1、荧光编码探针与目标分子杂交,荧光编码探针具有两个部分:报告探针和捕获探针。
报告探针(Reporter Probe)就是一段带有50 mer 的核酸及不同荧光颜色排列组合而成的探针,为主要的信号来源。
唤醒沉睡在玻片中的秘密
捕获探针就是一段带有50 mer 的核酸及Biotin,能将目标分子捕获并停留在由Avidin组成的Cartridge上。
唤醒沉睡在玻片中的秘密-1
2、杂交过后,将样品送进Prep Station移除多余的杂交的探针,并且将形成探针/目标分子的复合物与Cartridge进行接合,通电使其皆朝同一个方向排列。  
唤醒沉睡在玻片中的秘密-2
3、将cartridges移动到 DigitalAnalyzer进行信号数据采集,计数在Cartridge表面上的荧光编码探针并且将其列表标识。
唤醒沉睡在玻片中的秘密-3
好啦,知道NanoString技术技术原理后,带你看下跟这项技术搭配的、价值200w的设备撒~~~~
唤醒沉睡在玻片中的秘密-4
数字式单分子基因表达谱分析整个系统包括全自动的样品处理工作站、数字化成像分析仪、CodeSet(分子条形码)和相关试剂,可以使研究人员用少量的实验材料进行特定或一组基因的表达特征研究。
唤醒沉睡在玻片中的秘密-5

辣么,我想问下,这个高级的技术到底有啥好处(优势)捏?

1、对样本数量和质量要求极低:100ngRNA就够用,就算石蜡切片(FFPE)这种RNA大量降解的样本也能轻松找出其中存在的目标基因;

2、手动操作步骤少:作为一套成熟的商用检测技术,做12个样本800个基因的检测,手动操作时间不超过15分钟,最少的手动操作,带来了最小的系统内误差和实验结果的均一性,也大大降低了广大科研工作者的劳动强度啊!!!

3、不抽提RNA,木有反转录,木有扩增!!
不抽提RNA:减少了因为抽提RNA过程造成的样本损失
木有反转录:不存在反转录的偏好问题
木有扩增:检测结果完全来源于原始拷贝数量
省事儿又精准,不必担心各种高GC含量和扩增偏好

4、检测动态范围超级大
检测动态范围是什么?是把螨虫和姚明放在一起能同时精确测量出两者体长的方法。
不过,nanostring的检测动态范围达到了:7x105,可以同时检测表达量极大和极小的基因。

5、同时检测基因数量多
作为一种单分子灵敏级的条形码标记技术,Report探针上通过六种不同颜色的荧光小球的不同的排列,产生了800种不同的条码,也就是说可以同时检测多达800种基因。一次上机,完成样本中一类通路的基因检测,省样本,通量高。哦也!

说到这里,有点要上天的节奏,为啥这么好的技术,大家一直没用呢?我查看和计算了报价之后,深深吸了一口气,900美金一个Cartridge,0.5-3美金一个探针一个反应,按照目前的最低价,进行一次12个样本800个基因的12*0.5*800+900=5700美金。
没错!
5700美金!!!!
按照当前的汇率:5700x6.68=38076人民币!!!!
这是最基础的试剂费用,并未计算仪器折损,毕竟一套nanostring仪器的价格也在200万以上!!!!
不过尽管有这样一个严峻的问题在面前,nanostring这套技术还是在角落顽强的生长,从原理上体现的优势让科学家面对正规样本或已经有些年头的FFPE样本还是会想到它。总的来说,nanostring技术因为其原理的优势,加上后续检测microRNA技术的研发,科学家也越来越看好其在医学检测领域和特殊样本检测领域的作用。

最后,给大家说说NanoString 技术的应用领域吧~~
基因表达谱研究Gene Expression
800个基因分析通量
具有弹性的样品需求,适用于血液样本与FFPE样本
只需要15分钟的手动操作时间
小RNA分析 miRNA Analysis
人类,小鼠 及大鼠的miRNA分析皆适用
完整包含miRBase资料库的miRNA(人类、小鼠、大鼠)
拷贝数多样性分析 Copy Number Variation
同时检视人类基因组中800个区域
准确的标记感兴趣的区域
帮助二代测序进行后期验证 NGS Validation

原文链接:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz= ... e=4#wechat_redirect

各类实验资料可参考:http://www.ebioq.com/
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yongxinw

新虫 (正式写手)

欢迎大家进行交流探讨
2楼2016-07-27 11:56:06
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头顶、星空

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问哪里可以做Nanostring?
3楼2019-04-17 11:09:32
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