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6946147

木虫 (小有名气)

[求助] 利用GOLD分子对接,怎么设置参数更好的让它考虑金属配位作用已有2人参与

请教一个问题,在用GOLD对接时,直接按照默认参数对配体分子进行对接时效果较好,但是对接我的分子效果相当差,好像没有考虑金属配位作用,我需要进行什么样的设置才行呢?
我的蛋白是含有血红素的细胞色素P450酶,配体分子中含有咪唑环,应该能与铁形成配位键,但是在对接过程中不能考虑这个配位键。希望精通GOLD的同志能够给予帮助,非常感谢!!!
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Thefuturebelongstothosewhobelieveinthebeautyoftheirdreams.
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你丫有病吧

新虫 (初入文坛)

楼主有gold软件嘛,求安装

发自小木虫IOS客户端
2楼2016-12-13 09:53:09
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zhanglu33

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

不算精通,但刚好也在做这个。给我邮箱,我发篇文献给你看看。
3楼2016-12-17 15:14:24
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6946147

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zhanglu33 at 2016-12-17 15:14:24
不算精通,但刚好也在做这个。给我邮箱,我发篇文献给你看看。

谢谢哈  文献链接给我一下吧
Thefuturebelongstothosewhobelieveinthebeautyoftheirdreams.
4楼2016-12-18 21:53:16
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zhanglu33

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 6946147 at 2016-12-18 21:53:16
谢谢哈  文献链接给我一下吧...

PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 58:836–844 (2005)
5楼2016-12-19 08:46:59
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Real穗

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想请问楼主,您这个问题最终是怎样解决的?我现在遇到了同样的问题,在GOLD中,也是对接的金属酶,GOLD不识别金属,不知道怎么解决,期待您的回复。
6楼2018-07-05 21:33:15
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