MD simulation之后处理ovito中遇到的问题
前辈们，朋友们：
你们好！
我的研究方向是采用分子动力学模拟硬脆性材料在纳米加工中的材料去除机理及变形行为。最近在采用ovito尝试对模拟结果进行后处理时，出现了一些问题不知如何解决，特别希望热心的虫友可以为我释惑。问题如下：
1、在ovito中进行配位数分析，在视觉效果上感觉配位数设置无误后（截断半径我设置为稍大于键长）， 进行成键时却发现配位数与中心原子的键数十分不一致，如5配位原子的中心原子键数应为5才对，但键数却表现的极为任意（0~5个），原子间没有键居多，成5键的原子几乎没有，真的很奇怪；
2、在SiC材料中，在Si原子和C原子成键时，C原子和C原子、Si原子和Si原子之间是否会成键呢？
先行感谢致力于研究的你们，盼解惑！
一个在分子动力学上处于迷茫的人儿
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京公网安备 11010802022153号
你用的是说明modification，量过原子间距么
前辈，
你好！
我量过原子间距，未成键的原子基本都是由于原子间距大于截断半径；我在生成键之前，将显示效果设置为只显示5配位原子，哦，怪不得，原来是这样，5配位原子不一定非要和5配位原子才能成键。
前辈我提的第二个问题其实是针对SiC的径向分布函数来说的，RDF中的横坐标（原子间距）应该是哪种键的长度呢？是Si-C,Si-Si还是C-C呢？RDF图我是这么做的，首先进行配位数分析（根据键长设置为2.5埃），根据配位数着色（配位数范围3-7），然后通过表达式选取单个配位数（如配位数为5）的原子群，再次进行配位数分析，设置截断半径为5埃，得到RDF；但是我所生成的单配位数径向分布函数峰值与我所读论文中的相比，直接打了3个数量级，我有点犯傻了，难道是我生成RDF的方法不正确吗？
十分期待您的回复！
迷茫虫友
为什么要单独选择配位数为5的原子画rdf?文献也是这个流程吗？你自己都没搞懂问题在哪，你得把文献看明白了。
前辈，
您好：
我看过的论文中确实展示出了单个配位数的RDF和ADF，但是没有提示是怎么做出来的，其实我自己做的径向分布函数是自己想出来的。
前两个图是我读到的论文中的插图，最后一个是我自己按自己的想法做出的图，但是，与论文中的RDF的峰值相差了好几个数量级，不知是怎么回事？
附件中的图片分别就是4配位原子和6配位原子的RDF和ADF,而Si-I、Si-II、、Si-III、Si-XII、Si-XIII是单晶Si在切削过程中所演变出的不同晶相结构，图中虚线分别是各种标准晶相所对应的RDF位置。
十分期待您的回复！
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文献的rdf很奇怪。对于周期性体系，截断半径趋于无穷时，g(r)趋于1（你可以找些典型的rdf看看）。但是这里峰值都没到0.5，你可能要看看文献中rdf的公式才行。
前辈，
您好：
受到你的回复，我很高兴！我也感觉RDF挺奇怪的，但不只这一篇论文是这样，我看到的另一篇论文也是这样的，RDF峰值最大为1左右（如第二、三图所示），但就像您说的那样，截断半径不可能无穷大（此篇论文中截断半径为5埃，且是在单相聚集区内生成径向分布函数的，如第一个图所示，我就是受到这个划分单相聚集区的方法的启发，来生成RDF的，但结果...）；此外，论文中我并没有发现RDF的公式，RDF是用ovito后处理得到的，我想应该也用不到公式吧。
看起来还是我的做法有误，虽然说模拟数据不同，但绝不会相差很大，再说都是采用球形压头进行单晶硅的纳米压痕加工，应呈现出相似的规律才是。前辈，您是怎么生成RDF，又是怎么进行配位数分析的呢？好困惑啊
期待您的回复！
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，
看了文献我大概理解了，文献算的是有限的体系。你用ovito分析时可能需要把周期性关掉。
至于纳米压痕，我也没做过，建议你直接写邮件给作者询问。