autodock配体结构化学键错乱
使用autodock进行分子对接使，打开的配体结构化学键错乱（如下图），但在pymol和chimera里面打开是对的，请问是什么原因呢？求助各位，非常感谢！
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看不见图，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容
本来是sdf格式，在pymol里打开保存成pdb格式了。
没找到上传图片的地方。。。￣□￣｜｜
，
autodock可以识别pdb格式，但是化学键会错配，sdf格式识别不了。
可能是分子结构没有处理好，百度搜索【小工具教程 准备化合物结构】处理下。推荐用DOCK 6来对接，免费而且计算准确。搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算教程，简单操作，能分析八大经典相互作用。