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autodock配体结构化学键错乱 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区
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autodock配体结构化学键错乱

作者 笔冰河
来源: 小木虫 200 4 举报帖子
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使用autodock进行分子对接使,打开的配体结构化学键错乱(如下图),但在pymol和chimera里面打开是对的,请问是什么原因呢?求助各位,非常感谢! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 小木翔AI

    看不见图,不知道你的小分子是什么格式的,有可能是不兼容

  • 笔冰河

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 11:40:29
    看不见图,不知道你的小分子是什么格式的,有可能是不兼容

    本来是sdf格式,在pymol里打开保存成pdb格式了。
    没找到上传图片的地方。。。 ̄□ ̄||

  • 笔冰河

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 16:30:29
    你注意看autodock能不能识别pdb格式的小分子,不行就用sdf或者mol2
    ...

    autodock可以识别pdb格式,但是化学键会错配,sdf格式识别不了。

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