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vasp计算分子动力学,使用VMD做非晶的径向分布函数(rdf),但是最不归一

作者 suncoffee
来源: 小木虫 550 11 举报帖子
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下面是我用VMD作的图,到了那个距离直接就下降为0,不知道其中的原因。网上查是说可能是截断半径太小了,但是VMD哪里可以设置截断半径嘞?初学VMD,多谢各位的指导了。

vasp计算分子动力学,使用VMD做非晶的径向分布函数(rdf),但是最不归一
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vasp计算分子动力学,使用VMD做非晶的径向分布函数(rdf),但是最不归一-1
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vasp计算分子动力学,使用VMD做非晶的径向分布函数(rdf),但是最不归一-2
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  • 精华评论
  • aa小小佑

    自己归一化下就行了

  • 二饼妹

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by suncoffee at 2020-06-07 16:45:16
    所以说,其实这个图是没有问题的,然后我们画图的时候只要取到他不为0的那个地方就可以了是吗?
    ...

    同学,我想问一下这个图怎么画的啊

  • suncoffee

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by 二饼妹 at 2020-08-25 11:28:06
    同学,我想问一下这个图怎么画的啊...

    这个使用的是计算软件VASP,画这使用的软件是VMD,使用的文件是是计算分子动力学(MD)之后的vasprun.xml,把这个文件打开后,依次点击:Extensions----Analysis----Radial Pair Distribution Function g(r);然后就会出现我上面的第二张图,你再选择元素,选完之后再点击Compute g(r),就可以了。后续的你可以导出用其他软件作图。其实做径向分布函数我推荐用vaspkit,这个软件处理这些巨强,B站有教程,他的ID是:啦啦黑还黑。不好意思,最近才看到

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