你可以多读一些paper和tutorial多理解一些吧，这些问题太细太多了！人家回答打字也挺麻烦的。
1. Ef费米能级一般不是取为VBM=零点了吗，那这一项是要考虑为零吗，最后一项说是缺陷形成过程中的振动能，也不知道怎么算，文章里下文完全没提。。可以忽略吗？
Ef 取值一般从VBM到CBM，Ef不同，formation energy不同。
2. E(O2)文章取的实验值没啥说的，E(O)说是电子结构计算得来的，在CASTEP里就是构建一个大立方，放一个氧原子算能量吗？
是的。
3. Δμ(O)怎么确定，文章说Δμ(O)=0定义富氧极限，但氧空位产生不该是缺氧情况吗？
Δμ(O)很难确定，只能取两个极限值。Δμ(O)=0为富氧环境（O2 单质情况下Δμ(O)=0）。还有一种是O2 deficiency情况，Δμ(O)很小（为一较负值）。氧空位在富氧情况下确实更难形成但这里不是你理解的那样。
4. 考虑到带电情况还有修正公式：Ecorr=E(isolated)-E(periodic)+qΔV，最后一项是对齐用的。有个问题是等式右侧不就是我们要求的数吗，那这个修正的意义何在？在CASTEP里计算荷电情况的时候是直接在计算的时候Charge一栏填一个电荷数就ok吗？
qΔV 因为缺陷带电荷引起的静电势能变化。E(isolated)-E(periodic) 所有DFT计算都采用PBC即周期性边界条件，你计算的是一个单胞，但实际上CASTEP考虑的是无限大周期重复的整个晶体。所以一个缺陷和他旁边相邻的单胞内的缺陷会有相互作用，而这种相互作用是artifacts不是你想要的，所以要减掉，