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castep优化Pd(110)晶面

作者 chenkunkun
来源: 小木虫 500 10 举报帖子
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用castep优化Pd(110)晶面,constraints下面的两个Pd原子,优化前晶胞中是三个Pd原子,为何优化后出现9个Pd原子,且部分在晶胞外面,求大神指导,附图1为优化后的Pd晶胞图,图2为优化前的Pd晶胞,图3和4为优化时的参数设置。

castep优化Pd(110)晶面
1.Pd (1 1 0)优化后.png


castep优化Pd(110)晶面-1
2.Pd (1 1 0)优化前.png


castep优化Pd(110)晶面-2
3.参数设定1.png


castep优化Pd(110)晶面-3
4.参数设定2.png 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 卡开发发

    提交任务的时候提示是否使用对称性,选择否。

  • 卡开发发

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2020-03-07 19:06:04
    提交任务的时候提示是否使用对称性,选择否。

    显示模式用Original。

  • chenkunkun

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2020-03-07 19:06:04
    提交任务的时候提示是否使用对称性,选择否。

    嗯嗯,选择否后问题解决了,非常感谢您。另外,还有一个问题需要请教您,就是我想在优化的黄铁矿表面加优化后的有机分子(黄药),是将优化后的有机分子直接粘贴在矿物的表面吗?分子与矿物表面的距离怎么设置呢?

  • 卡开发发

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by chenkunkun at 2020-03-09 13:45:58
    嗯嗯,选择否后问题解决了,非常感谢您。另外,还有一个问题需要请教您,就是我想在优化的黄铁矿表面加优化后的有机分子(黄药),是将优化后的有机分子直接粘贴在矿物的表面吗?分子与矿物表面的距离怎么设置呢?...

    手工调整到合理即可,后面优化过程会根据能量极小方式对结构做调整。

  • chenkunkun

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2020-03-09 15:53:18
    手工调整到合理即可,后面优化过程会根据能量极小方式对结构做调整。...

    嗯嗯,谢谢您,但我将优化后的有机分子粘贴在矿物表面,出现了两个有机分子(如下图),并且删掉一个,两个同时消失,您碰到过这种情况没?该如何设置才能只出现一个分子呢?另外,有机分子在矿物表面建模后,再继续优化前需要将有机分子固定吗?
    castep优化Pd(110)晶面-4
    有机分子.png


    castep优化Pd(110)晶面-5
    有机分子粘贴在矿物表面后.png

  • 卡开发发

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by chenkunkun at 2020-03-09 21:56:03
    嗯嗯,谢谢您,但我将优化后的有机分子粘贴在矿物表面,出现了两个有机分子(如下图),并且删掉一个,两个同时消失,您碰到过这种情况没?该如何设置才能只出现一个分子呢?另外,有机分子在矿物表面建模后,再继 ...

    1、边界设置的太小了。
    2、显示模式尽量用Origin避免边界上的原子重复显示。

  • chenkunkun

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2020-03-10 10:00:24
    1、边界设置的太小了。
    2、显示模式尽量用Origin避免边界上的原子重复显示。...

    边界设置太小了是指矿物晶胞Lattice的b和c设置的太小了吗?我先将分子和矿物分别优化并收敛成功后,将分子粘贴在矿物表面继续优化,附图为参数设置和继续优化结果(收敛失败),请问这是我参数设置的问题吗?另外,由于分子在矿物表面优化后已发生形变,需要固定整个分子或者分子中的部分原子吗?
    castep优化Pd(110)晶面-6
    收敛失败.png


    castep优化Pd(110)晶面-7
    优化(失败)完后的图片.png


    castep优化Pd(110)晶面-8
    优化设置参数1.png


    castep优化Pd(110)晶面-9
    优化设置参数2.png


    castep优化Pd(110)晶面-10
    分子在矿物表面粘贴后(未优化前图片).jpg


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