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如何用VESTA绘制离子概率密度图

作者 爱亚的猩猩: 来源: 小木虫 450 9 举报帖子

如题，我用VASP的AIMD模拟了100ps的原子运动，想把其中一种原子的概率密度画出来，文献里【Adv. Energy Mater. 2019, 1902373】经常出现这种图，都说是用VESTA画的。我知道每一步的原子坐标都在XDATCAR里面，如何把他们转化成概率密度呢？并且用VESTA可视化出来？多谢指导，感激不尽！！

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精华评论

iamikaruk

100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图
爱亚的猩猩

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2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

谢谢您的回复！我试一下学一学
爱亚的猩猩

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2楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-08 16:12:42
100 ps……
用pymatgen的diffusion模块可以实现这样的图

你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？
iamikaruk

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4楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-14 10:18:14
你好，我看到网上介绍pymatgen的安装是先安装conda，再安装pymatgen，您看是是这样吧？另外，pymatgen的diffusion模块不需要再安装了吧？...

对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。
爱亚的猩猩

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5楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-15 12:52:49
对，先安装anaconda，然后用conda装pymagen。diffusion模块需要另外装，好像软件包的名字是pymatgen-diffusion。...

谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢
，
iamikaruk

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6楼: Originally posted by 爱亚的猩猩 at 2020-01-16 09:43:16
谢谢您的回复！再咨询您最后一个问题，使用这个软件的时候，我需要给它提供vasp的什么数据呢？比如XDATCAR？然后获得的结果用什么软件可视化呀？再次感谢...

需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图
爱亚的猩猩

引用回帖:
7楼: Originally posted by iamikaruk at 2020-01-16 13:22:33
需要vasprun.xml。得到的结果可以直接存成vasp的chgcar格式，然后用vesta打开画密度图...

明白啦明白啦多谢多谢！！