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对植物内生真菌进行鉴定，构建系统发育树时自己的序列被独立在外面

作者 liu123t: 来源: 小木虫 600 12 举报帖子

想对一株分离出的植物内生真菌进行鉴定，使用ITS1和ITS4引物扩增rDNA，送公司测序后对测序结果在NCBI上进行BLAST比对，直接选择一致性最高的50个序列进行序列比对分析构建系统发育树，结果发现在做出的树中自己的基因序列总是被独立在外面，作为一个外类群出现，这是什么原因？
附图：BLAST结果和构建出的系统进化树

BLAST结果

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精华评论

皮皮虾111

我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因
liu123t

引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

恩，我也在想这个，有进展了麻烦分享一下啊~
liu123t

引用回帖:
2楼: Originally posted by 皮皮虾111 at 2019-11-29 09:59:50
我也是，我的是细菌16s rRNA在ncbi上BLAST后下载得分最高的十多条序列比对后建树，情况和你一样，也在找原因

http://muchong.com/t-13646868-1
这个帖子也是关于这个问题的，你可以看一下
，
liu123t

引用回帖:
5楼: Originally posted by 王屋2222 at 2019-12-05 14:08:42
找你鉴定的菌株的模式菌株，找一些不同属的、种的来建立进化树

因为不知道所要鉴定的菌株是什么属的菌，所以没法找到该菌的模式菌株……
apathy2019

你们的菌序列反了，在MEGA里互补一下重新建就好了