:分子动力学模拟、第一性原理计算能在很大程度上进行预测指导实验，在各领域的研究中发挥越来越重要的作用，相关的理论与计算方法也日益丰富，成为21世纪材生命科学、化学工程、料科学、物理科学及医药研究中的重要战略前沿和主要突破口
课程学习
第一天 上午
LAMMPS基础        1  分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义
1.1系综理论
1.2主要算法介绍
1.3积分步长的选取
1.4温度和压力控制
1.5周期性边界条件
1.6分子动力学模拟流程
第一天        下午
LAMMPSS入门学习        2   LAMMPS入门操作基础
Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令
2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装
2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件。认识makefile文件。
2.4 LAMMPS的in文件结构格式及常用命令讲解、data文件格式。
2.5 LAMMPS实例讲解。
        实例操作：编译安装自己的LAMMPS可执行程序。
第二天 上午
LAMMPS进阶学习        3. LAMMPS各种参数计算
3.1 in文件基本语法
3.2 颗粒模拟
3.3 可视化快照
3.4 弹性常数模拟
3.5 计算热导率
3.6 计算粘度
3.7 计算均方位移
3.8 计算径向分布函数
3.9 计算扩散系数
3.10 计算能量数据
3.11 Lammps常见错误解决途径
        实例操作：学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子
第二天 下午
Lammps的建模1        4   LAMMPS建模——掌握基本操作流程
4.1  lattice命令语法学习及建模实操
4.2  packmol 建模语法学习及建模实操
        实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第三天  上午
Lammps的建模2        4   LAMMPS建模——掌握基本操作流程
4.3  Material Studio建模学习及实操
4.4  VMD建模学习及实操
实例操作：把上述实操模型转换成lammps的data文件
第三天  下午
从examples的简单例子，到完成自己的科研课题        5 通过examples中的例子，理解要模拟对象的物理意义
5.1  运行examples\flow 两个例子并做可视化处理
        练习与思考：
5.1-1 把二维couette流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-2 把二维poiseuille流动扩展成三维，并输出流体的速度和密度分布
5.1-3 建立三维管道内的poiseuille流动
5.1-4 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟
5.1-5 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响
5.1-6 模拟体系中水更改为KCl溶液
5.2  运行examples\shear   到石墨烯力学性质模拟
5.3  运行examples\friction 到金属/合金的摩擦模拟
第四天   上午
夹层结构(graphene/C60/graphene)摩擦性质模拟
（AIREBO力场）        6  夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度条件下的摩擦性能研究
6-1  建立夹层结构(graphene/C60/graphene)不同粗糙度的初始模型
6-2  夹层结构的应力-应变曲线性能研究
6-3  夹层结构摩擦性质研究
      
第四天  下午
环氧树脂在二氧化硅表面吸附模拟(CVFF力场)        7 环氧树脂在二氧化硅表面吸附吸能的影响
7.1 建立模拟体系的初始模型
7.2运行能量最小化及体系的预松弛
7.3压缩盒子达到指定的密度（针对不同研究体系掌握压缩方法的不同，并掌握判断方法和依据）
7.4模拟步骤：包括能量最小化-NVT平衡-NPT平衡-对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。
7.5查看动态轨迹和特殊帧的图片显示(采用VMD软件做出漂亮的图片和视频，学会用tcl脚本控制输出)
7.6.数据分析（origin软件的使用）
7.6.1 MSD分析
7.6.2 计算RDF
7.6.3 计算密度分布 返回小木虫查看更多