系统发育树构建时遇到的问题
想问大家个问题,最近对筛菌得到的32个真菌ITS序列(编号为MEFC)在NCBI上进行blast比对,然后选取相似度较高的序列,并下载其fasta格式的序列。然后直接用MEGA7构建系统发育树。却发现MEFC009,MEFC077,MEFC082,MEFC050等并没有与其相似度高的物种聚在一起,而是单独分开(如下图)。请问:这是什么原因造成的呢?是选取序列时有误吗?还是在构建系统发育树的过程中有误呢?
想问下大家有遇到这种问题的吗,是怎么解决的呢?
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选的序列是那一段吗?会不会选错了?
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