我的个人理解哈。化学反应中使用吉布斯自由能（比如楼主这种能垒问题一般要计算 反应的活化自由能）的原因是。吉布斯自由能从定义上表示了 等温等压下对外做的非体积功，化学反应一般符合等温等压，所以一般采用自由能作为反应自发与否的判据。而实验室测得的反应速率呀 平衡常数呀 也都是和自由能挂钩的。

热力学中 熵增 作为自发与否判据的条件是在孤立体系中。而化学反应很少有孤立体系存在（也就是绝热反应） 所以一般不用S来作为判据。

所以总结起来就是 如果这化学反应条件是 等温等压条件的 那就用自由能作为判据。
                                             如果条件 是 绝热的   就用 熵 作为判据

至于审稿人的意见  
因为也没看到具体文章 我猜哈 因为审稿人提到了 lowest energy barrier，在你的文章里是怎么定义这个的？如果是用  △E（也就是TS和相邻的intermediate之间的能量差） 来定义的 那这确实可以用来计算 化学反应速率 也就是动力学上解释了反应。但是热力学上 需要考虑到△G 也就是 也就是计算反应活化自由能，需要用 TS的自由能减去最初的总反应物的自由能，而不是仅仅计算与TS相邻的 intermediate的能量变化。这样就能确认这个反应路径的吉布斯自由能的变化是不是最favorable的。我猜审稿人是这个意思，

好好复习一下热力学，顺便diss一下审稿人。
提示：G=H-TS。
没有楼上版主那个耐心打字了，遁……