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几何优化 NVT NPT 动力学模拟 聚合物掺杂 机械性能

作者 蛤蛤蛤额
来源: 小木虫 200 4 举报帖子
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本人用数据库里导出的晶胞构建了图一所示的氧化铝团簇,并把它放在了盒子的中间,然后掺杂进优化好的高聚物分子,按照之前的流程是进行几何优化收敛后在跑NVT和NPT的模拟,最后算机械性能;但是问题出在每次跑NVT的时候都出现图四所示的情况,
Dynamics calculation - Aborting dynamics.
An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these.
不太理解这里的第二句英文是什么意思,我也按照这个提示又进行了动力学的模拟,减少了time step,但是温度没有改变,最后得到的几何结构都是收敛的,能量也差不多是稳定的了,但是NVT的时候还是老出现这个提示,老是卡在这个地方进行不下去,我也不知道怎么办,,之前盒子比较小的一组数据就没有出现这种情况。
请哪位大佬帮帮解决一下,小弟愿意奉献所有的金币!

几何优化 NVT NPT 动力学模拟 聚合物掺杂 机械性能
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几何优化 NVT NPT 动力学模拟 聚合物掺杂 机械性能-1
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  • 精华评论
  • 月只蓝

    An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
    意思是说两次相邻的采样时间点之内,有原子(或原子团)的空间位移大于100埃米,这是违反基本物理原理的(unphysical)。
    模拟追求的就是对现实的趋近,如果出现了违反基本物理原理的模拟结果,自然被认为是不可信的,或者不可接受的。
    至于解决方法,在跑MD之前,首先检查模型构建是否正确:如原子之间成键是否符合化学基本原理;再检查MD参数设置是否正确,尤其要检查每个原子的力场是否正确。
    在确定模型和计算参数设置无误的情况下,对模型做几何优化,然后再跑MD;首先应尝试做几何优化,不建议一开始就改时间步长(时间步长越小,计算耗时越久),做完几何优化之后,仍出现该问题,再改小时间步长,

  • S-Loser

    楼主你的模型是怎么构建的啊,是怎么把氧化铝放在中间,再把聚合物掺杂进去的呢,可以告知吗?
    还有楼主,你跑动力学的时候,先跑NVT,再跑NPT,依据是什么啊?跪求楼主分享。我做在这些地方卡住了。

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