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lammps并行任务运行有误

作者 leepearson
来源: 小木虫 11750 235 举报帖子
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各位好,我最近在服务器上安装lammps,生成了并行程序,但实际运行中,发现log信息如下:
~/lammps/lammps-12Dec18/examples/shear$mpirun -np 4 lmp_serial <in.shear
LAMMPS (12 Dec 2018)
LAMMPS (12 Dec 2018)
Total wall time: 0:00:00
LAMMPS (12 Dec 2018)
Total wall time: 0:00:00
Lattice spacing in x,y,z = 3.52 3.52 3.52
Created orthogonal box = (0 0 0) to (56.32 35.2 9.95606)
  1 by 1 by 1 MPI processor grid
......
Loop time of 6.20877 on 1 procs for 3000 steps with 1912 atoms

Performance: 41.747 ns/day, 0.575 hours/ns, 483.188 timesteps/s
100.0% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads

MPI task timing breakdown:
Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair    | 5.6695     | 5.6695     | 5.6695     |   0.0 | 91.32
Neigh   | 0.42145    | 0.42145    | 0.42145    |   0.0 |  6.79
Comm    | 0.033455   | 0.033455   | 0.033455   |   0.0 |  0.54
Output  | 0.00049639 | 0.00049639 | 0.00049639 |   0.0 |  0.01
Modify  | 0.062333   | 0.062333   | 0.062333   |   0.0 |  1.00
Other   |            | 0.02149    |            |       |  0.35

1 by 1 by 1 MPI processor grid貌似表示是单线程运算,并没有实现多线程并行~,不知道是什么原因呢?谢谢! 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • 万里阳光

    设备什么配置

  • 19861226ya

    不是需要编译lmp_mpi吗?不懂,lmp_serial是单机版,支持并行否不知,再键入mpirun -np后是否会忽略这个键入也未知,查说明看看

  • leepearson

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by 万里阳光 at 2019-01-08 12:23:53
    设备什么配置

    ubuntu16.04,ifort2019,之前用的openmpi-2.0.2和openmpi-4.0.0都会出错,openmpi-3.1.3则解决问题了

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