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用xcrysden直接可视化POSCAR或OUTCAR里原子结构的方法

作者 valenhou001
来源: 小木虫 750 15 举报帖子
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写了2个bash脚本文件pos2xsf.sh和voutcar2xsf.sh。
pos2xsf.sh可将POSCAR(或CONTCAR.支持vasp5.x和vasp4.x)转换为xsf格式的输出。
voutcar2xsf.sh可取出OUTCAR里的原子坐标构型并按xsf格式输出。

这两个脚本文件可以从如下的网址上下载:
https://github.com/houzf/poscar2xsf

或在附件中poscar2xsf.tar.bz2解压(解压命令:tar xjvf poscar2xsf.tar.bz2)后得到。

然后通过在xcrysden的自定义文件custom-definitions里添加如下设置(注意your_username需被替换为你真实的用户名):

addOption --vasp /home/your_username/bin/pos2xsf.sh {
                    load structure from vasp file format
                  }
addOption --outcar /home/your_username/bin/voutcar2xsf.sh {
                    load structure from vasp file format
                  }

然后运行xcrysden命令添加参数,比如按如下方式来运行:
xcrysden --vasp   POSCAR
xcrysden --outcar   OUTCAR

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今日热帖
  • 精华评论
  • valenhou001

    补充:
    pos2xsf.sh和voutcar2xsf.sh的属性需改为可执行的。
    chmod +x  pos2xsf.sh   voutcar2xsf.sh

    xcrysden的自定义文件custom-definitions在${HOME}/.xcrysden隐藏目录里,

  • dj20516

    厉害

  • 小虫虫LG

    侯老师好厉害

  • hy1987007

    谢谢候老师分享!

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