用xcrysden直接可视化POSCAR或OUTCAR里原子结构的方法
写了2个bash脚本文件pos2xsf.sh和voutcar2xsf.sh。
pos2xsf.sh可将POSCAR(或CONTCAR.支持vasp5.x和vasp4.x)转换为xsf格式的输出。
voutcar2xsf.sh可取出OUTCAR里的原子坐标构型并按xsf格式输出。
这两个脚本文件可以从如下的网址上下载:
https://github.com/houzf/poscar2xsf
或在附件中poscar2xsf.tar.bz2解压(解压命令:tar xjvf poscar2xsf.tar.bz2)后得到。
然后通过在xcrysden的自定义文件custom-definitions里添加如下设置(注意your_username需被替换为你真实的用户名):
addOption --vasp /home/your_username/bin/pos2xsf.sh {
load structure from vasp file format
}
addOption --outcar /home/your_username/bin/voutcar2xsf.sh {
load structure from vasp file format
}
然后运行xcrysden命令添加参数,比如按如下方式来运行:
xcrysden --vasp POSCAR
xcrysden --outcar OUTCAR
补充:
pos2xsf.sh和voutcar2xsf.sh的属性需改为可执行的。
chmod +x pos2xsf.sh voutcar2xsf.sh
xcrysden的自定义文件custom-definitions在${HOME}/.xcrysden隐藏目录里,
厉害
侯老师好厉害
谢谢候老师分享!