这个情况有很多种可能。模拟时间不够，模拟设定的允许误差过大，采用的力场等等吧，看一下你的其他文碱才行。根据你的描述，首先构建模型的这个模块在设置的时候有选项，要不要每次都优化，要看一下你的设置情况，以及你模拟精度的选择。其次，不管怎样，我觉得你这个情况不是大问题，只要再把你现在的这个结构用其他模块再做一下构型优化或能量最小化就能得到稳定的结构。毕竟你用的模块主要是构建，不是优化。

另外请问用MS的什么模块可以计算水、二氧化碳这类小分子的摩尔体积啊？