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GROMACS中使用MARTINI力场进行粗粒化之后，氨基酸数量为什么会减少？

大神们好！我在GROMACS中使用MARTINI力场对蛋白质进行粗粒化，但是粗粒化之后的氨基酸数量会减少，请问这是为什么呢？大家有没有遇到过类似的情况呢？怎么解决的呢？
比如：HSA.pdb中含有585个氨基酸，但是粗粒化之后只有578个氨基酸了。返回小木虫查看更多

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wyangdao

换个力场试一试
shaxiu

引用回帖:
2楼: Originally posted by wyangdao at 2018-06-27 19:06:46
换个力场试一试

您好，您的意思是说用MARTINI力场将蛋白质粗粒化之后氨基酸数量都会变少吗？那这个对整个蛋白质的影响大不大呢？
因为我对别的力场不太熟悉，还是决定用这个力场。
谢谢您
，
cjl123321

粗粒化的全原子pdb结构里有martinize.py 不认识的残基。所以会少了哪些不认识的残基。因此你要先把全原子的结构弄成标准残基再粗粒化
青青白白123

引用回帖:
4楼: Originally posted by cjl123321 at 2018-07-02 13:32:21
粗粒化的全原子pdb结构里有martinize.py 不认识的残基。所以会少了哪些不认识的残基。因此你要先把全原子的结构弄成标准残基再粗粒化

请问全原子的结构如何转化成标准残基啊？