当前位置: 首页 > 分子模拟 >ERROR: Bonds defined but no bond types (../read_data.cpp:1121)

ERROR: Bonds defined but no bond types (../read_data.cpp:1121)

作者 l532982747
来源: 小木虫 600 12 举报帖子
+关注

今天做模拟的时候出现了ERROR: Bonds defined but no bond types (../read_data.cpp:1121),
手册上说是data文件中,文件头列出了bond但是没有bond类型。可是我在in文件里已经给出了bond style,这是怎么回事?
在网上找到的资料非常少,所以来这里求各位大神解答!!非常感谢!!

这里贴出data文件的头
LAMMPS data file. msi2lmp v3.9.8 / 06 Oct 2016 / CGCMM for C1

152 atoms
151 bonds
300 angles
441 dihedrals

4 atom types
7 bond types
15 angle types
21 dihedral types

1.5    6.5  xlo xhi
1.8   8.0  ylo yhi
0.0     53.0  zlo zhi

Masses

   1   1.007970 # h
   2  12.011150 # c3
   3  12.011150 # c2
   4  12.011150 # c1

Bond Coeffs # harmonic

   1   340.6175     1.1050 # h-c3
   2   322.7158     1.5260 # c3-c2
   3   340.6175     1.1050 # h-c2
   4   322.7158     1.5260 # c2-c2
   5   322.7158     1.5260 # c2-c1
   6   340.6175     1.1050 # h-c1
   7   322.7158     1.5260 # c3-c1

Angle Coeffs # harmonic

   1    44.4000   110.0000 # h-c3-c2
   2    39.5000   106.4000 # h-c3-h
   3    44.4000   110.0000 # h-c2-c3
   4    46.6000   110.5000 # c3-c2-c2
   5    39.5000   106.4000 # h-c2-h
   6    44.4000   110.0000 # h-c2-c2
   7    46.6000   110.5000 # c2-c2-c2
   8    44.4000   110.0000 # h-c2-c1
   9    46.6000   110.5000 # c2-c2-c1
  10    44.4000   110.0000 # h-c1-c2
  11    46.6000   110.5000 # c3-c1-c2
  12    46.6000   110.5000 # c2-c1-c2
  13    44.4000   110.0000 # h-c1-c3
  14    44.4000   110.0000 # h-c3-c1
  15    46.6000   110.5000 # c1-c2-c1

Dihedral Coeffs # harmonic

  1     0.1581   1   3 # h-c3-c2-h
  2     0.1581   1   3 # h-c3-c2-c2
  3     0.1581   1   3 # c3-c2-c2-c2
  4     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c3
  5     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c2
  6     0.1581   1   3 # h-c2-c2-h
  7     0.1581   1   3 # c2-c2-c2-c2
  8     0.1581   1   3 # c2-c2-c2-c1
  9     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c1
10     0.1581   1   3 # h-c2-c1-h
11     0.1581   1   3 # h-c2-c1-c3
12     0.1581   1   3 # h-c2-c1-c2
13     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-h
14     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-c3
15     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-c2
16     0.1581   1   3 # h-c3-c1-c2
17     0.1581   1   3 # h-c3-c1-h
18     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-c2
19     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-h
20     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-c3
21     0.1581   1   3 # c3-c2-c2-c1
**********************************************************************************************下面贴出的是in文件的相关部分
# 2-d LJ flow simulation

dimension        3
boundary        p p p

atom_style full
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style harmonic

neighbor        0.3 nsq
neigh_modify        delay 5

# create geometry

lattice                fcc 1.0
region                box block 0 30 0 10 0 80
create_box        6 box
create_atoms        2 box

mass                1 1.0
mass                2 1.0
mass                3 10.0
mass                4 10.0


# LJ potentials

pair_style         lj/cut 1.12246
pair_coeff        *  * 1.0 1.0 1.12246

read_data C1.data add append #group f3@smutao 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • l532982747

    对了,再贴上log会不会好点。。。这里是最后与data读取相关的log部分


    read_data C1.data add append #group f3
    ERROR: Bonds defined but no bond types (../read_data.cpp:1121)
    Last command: read_data C1.data add append #group f3

  • l532982747

    刚接触分子模拟,各位大神,拜托了!

  • cl1994861

    你这个文件中只有coeff参数,但是没有成键信息啊,比如几号原子和几号原子成键?几号原子与几号原子成角?我看貌似是你的msi2lmp工具转data文件出了问题,文件不全

  • l532982747

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by cl1994861 at 2018-06-26 16:34:19
    你这个文件中只有coeff参数,但是没有成键信息啊,比如几号原子和几号原子成键?几号原子与几号原子成角?我看貌似是你的msi2lmp工具转data文件出了问题,文件不全

    我这只是贴了data的head上来,后面的太长了没有贴

  • l532982747

    好吧,这是data完整的文件,也贴出来吧。。。有点长

    152 atoms
    151 bonds
    300 angles
    441 dihedrals

    4 atom types
    7 bond types
    15 angle types
    21 dihedral types

    1.5    6.5  xlo xhi
    1.8   8.0  ylo yhi
    0.0     53.0  zlo zhi

    Masses

    1  1.00797 # h
    2  12.01115 # c3
    3  12.01115 # c2
    4  12.01115 # c1

    Bond Coeffs # harmonic

       1   340.6175     1.1050 # h-c3
       2   322.7158     1.5260 # c3-c2
       3   340.6175     1.1050 # h-c2
       4   322.7158     1.5260 # c2-c2
       5   322.7158     1.5260 # c2-c1
       6   340.6175     1.1050 # h-c1
       7   322.7158     1.5260 # c3-c1

    Angle Coeffs # harmonic

       1    44.4000   110.0000 # h-c3-c2
       2    39.5000   106.4000 # h-c3-h
       3    44.4000   110.0000 # h-c2-c3
       4    46.6000   110.5000 # c3-c2-c2
       5    39.5000   106.4000 # h-c2-h
       6    44.4000   110.0000 # h-c2-c2
       7    46.6000   110.5000 # c2-c2-c2
       8    44.4000   110.0000 # h-c2-c1
       9    46.6000   110.5000 # c2-c2-c1
      10    44.4000   110.0000 # h-c1-c2
      11    46.6000   110.5000 # c3-c1-c2
      12    46.6000   110.5000 # c2-c1-c2
      13    44.4000   110.0000 # h-c1-c3
      14    44.4000   110.0000 # h-c3-c1
      15    46.6000   110.5000 # c1-c2-c1

    Dihedral Coeffs # harmonic

      1     0.1581   1   3 # h-c3-c2-h
      2     0.1581   1   3 # h-c3-c2-c2
      3     0.1581   1   3 # c3-c2-c2-c2
      4     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c3
      5     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c2
      6     0.1581   1   3 # h-c2-c2-h
      7     0.1581   1   3 # c2-c2-c2-c2
      8     0.1581   1   3 # c2-c2-c2-c1
      9     0.1581   1   3 # h-c2-c2-c1
    10     0.1581   1   3 # h-c2-c1-h
    11     0.1581   1   3 # h-c2-c1-c3
    12     0.1581   1   3 # h-c2-c1-c2
    13     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-h
    14     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-c3
    15     0.1581   1   3 # c2-c2-c1-c2
    16     0.1581   1   3 # h-c3-c1-c2
    17     0.1581   1   3 # h-c3-c1-h
    18     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-c2
    19     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-h
    20     0.1581   1   3 # c1-c2-c1-c3
    21     0.1581   1   3 # c3-c2-c2-c1

    Atoms # full

    1        1        1        0.1        3.377143878        5.449685123        52.1740049        #        h
    2        1        2        -0.3        3.673936692        6.034233676        51.24136511        #        c3
    3        1        3        -0.2        3.408349004        5.175450305        49.99121216        #        c2
    4        1        1        0.1        4.782134973        6.29641722        51.29386573        #        h
    5        1        1        0.1        3.059162901        6.992411276        51.18179308        #        h
    6        1        1        0.1        4.077366918        4.252707588        50.01489474        #        h
    7        1        1        0.1        2.31526241        4.852070162        49.97753971        #        h
    8        2        3        -0.2        3.715704474        6.00018714        48.72719109        #        c2
    9        2        3        -0.2        3.444695645        5.14680723        47.4737691        #        c2
    10        2        1        0.1        4.809916866        6.319797619        48.73937048        #        h
    11        2        1        0.1        3.050243471        6.925602567        48.70801045        #        h
    12        2        1        0.1        4.105546708        4.218152203        47.49557898        #        h
    13        2        1        0.1        2.348710495        4.833540301        47.45702586        #        h
    14        3        3        -0.2        3.763147395        5.974748433        46.21505687        #        c2
    15        3        3        -0.2        3.490261299        5.132276086        44.95490594        #        c2
    16        3        1        0.1        4.859817417        6.285533722        46.233149        #        h
    17        3        1        0.1        3.105477023        6.90578389        46.19948074        #        h
    18        3        1        0.1        4.135627424        4.192818171        44.97773898        #        h
    19        3        1        0.1        2.389416282        4.837487282        44.92592724        #        h
    20        4        3        -0.2        3.835918729        5.964014236        43.7046509        #        c2
    21        4        3        -0.2        3.569833472        5.137532433        42.43200397        #        c2
    22        4        1        0.1        4.936043264        6.260800062        43.73992324        #        h
    23        4        1        0.1        3.190811146        6.903800533        43.68922759        #        h
    24        4        1        0.1        4.192389352        4.18297068        42.46091752        #        h
    25        4        1        0.1        2.463276163        4.868835767        42.37784697        #        h
    26        5        3        -0.2        3.960431176        5.969380726        41.19492863        #        c2
    27        5        3        -0.2        3.710095372        5.157998109        39.90932911        #        c2
    28        5        1        0.1        5.064653718        6.245514701        41.25850978        #        h
    29        5        1        0.1        3.333595387        6.921290998        41.17161172        #        h
    30        5        1        0.1        4.30525996        4.186562906        39.95047172        #        h
    31        5        1        0.1        2.598764941        4.919953229        39.82056389        #        h
    32        6        3        -0.2        4.159434192        5.985182058        38.68970141        #        c2
    33        6        3        -0.2        3.924918101        5.184022997        37.39481356        #        c2
    34        6        1        0.1        5.268356928        6.231000639        38.78698218        #        h
    35        6        1        0.1        3.559133377        6.953567977        38.65139205        #        h
    36        6        1        0.1        4.491250406        4.196254264        37.45121037        #        h
    37        6        1        0.1        2.810582053        4.976772903        37.27273765        #        h
    38        7        3        -0.2        4.431276203        5.99835109        36.18860316        #        c2
    39        7        3        -0.2        4.198287415        5.207722816        34.8867325        #        c2
    40        7        1        0.1        5.545637389        6.204680565        36.31200192        #        h
    41        7        1        0.1        3.866337218        6.987275943        36.13888856        #        h
    42        7        1        0.1        4.736740879        4.204976179        34.95128494        #        h
    43        7        1        0.1        3.08127233        5.029181776        34.74530989        #        h
    44        8        3        -0.2        4.741798173        6.004158888        33.68378185        #        c2
    45        8        3        -0.2        4.472898728        5.221527951        32.3841532        #        c2
    46        8        1        0.1        5.864203566        6.160554966        33.80766226        #        h
    47        8        1        0.1        4.220600449        7.016733541        33.63234777        #        h
    48        8        1        0.1        4.987103459        4.205753814        32.44243145        #        h
    49        8        1        0.1        3.350227565        5.069142191        32.25770954        #        h
    50        9        3        -0.2        5.014328609        5.998118337        31.16728968        #        c2
    51        9        3        -0.2        4.655381677        5.223875238        29.88464633        #        c2
    52        9        1        0.1        6.147072343        6.096434851        31.24990598        #        h
    53        9        1        0.1        4.542494187        7.035211347        31.1297355        #        h
    54        9        1        0.1        5.146945803        4.195846633        29.91814032        #        h
    55        9        1        0.1        3.524314286        5.095987174        29.82194741        #        h
    56        10        3        -0.2        5.13485023        5.973384519        28.62541824        #        c2
    57        10        3        -0.2        4.621855265        5.202522622        27.39373179        #        c2
    58        10        1        0.1        6.27414495        6.010236241        28.60962428        #        h
    59        10        1        0.1        4.715051971        7.033195483        28.61237644        #        h
    60        10        1        0.1        5.085398075        4.161030978        27.38891754        #        h
    61        10        1        0.1        3.487744624        5.103075943        27.45292106        #        h
    62        11        3        -0.2        4.968622652        5.911514534        26.06930311        #        c2
    63        11        4        -0.1        4.254995035        5.132206132        24.94862965        #        c1
    64        11        1        0.1        6.095852727        5.889550757        25.90057284        #        h
    65        11        1        0.1        4.598126657        6.989596205        26.07782287        #        h
    66        11        1        0.1        4.669201539        4.070550942        24.91827856        #        h
    67        11        2        -0.3        2.773754999        5.074871829        25.36116778        #        c3
    68        11        1        0.1        2.30262746        6.104645258        25.2299981        #        h
    69        11        1        0.1        2.225727745        4.319998852        24.70585651        #        h
    70        11        1        0.1        2.695469863        4.757492868        26.45329507        #        h
    71        12        3        -0.2        4.480816327        5.795239759        23.56853886        #        c2
    72        12        4        -0.1        3.642646534        5.129485477        22.45434729        #        c1
    73        12        1        0.1        5.585453538        5.71996311        23.29704298        #        h
    74        12        1        0.1        4.193889332        6.895220556        23.65406732        #        h
    75        12        1        0.1        3.740566533        3.995502142        22.51832721        #        h
    76        12        2        -0.3        2.170132939        5.545437674        22.67335816        #        c3
    77        12        1        0.1        2.073277623        6.675439736        22.55797037        #        h
    78        12        1        0.1        1.510012217        5.026742042        21.90212834        #        h
    79        12        1        0.1        1.841107176        5.240902562        23.72149955        #        h
    80        13        3        -0.2        4.098202867        5.621157029        21.06082995        #        c2
    81        13        4        -0.1        3.517344253        4.751138942        19.92051816        #        c1
    82        13        1        0.1        5.23661727        5.590177039        21.00932418        #        h
    83        13        1        0.1        3.749239567        6.698769825        20.93208512        #        h
    84        13        1        0.1        3.940862558        3.696551266        20.0103904        #        h
    85        13        2        -0.3        1.984898091        4.685700431        20.06909398        #        c3
    86        13        1        0.1        1.523830099        5.653412325        19.68108631        #        h
    87        13        1        0.1        1.582072865        3.804987546        19.46769842        #        h
    88        13        1        0.1        1.715135947        4.550292081        21.16840873        #        h
    89        14        3        -0.2        3.909184007        5.330297111        18.54062966        #        c2
    90        14        4        -0.1        3.657230603        4.332654015        17.38440355        #        c1
    91        14        1        0.1        5.014869099        5.607468762        18.55600207        #        h
    92        14        1        0.1        3.293345331        6.274180855        18.36908911        #        h
    93        14        1        0.1        4.368241144        3.448684864        17.49693136        #        h
    94        14        2        -0.3        2.206178415        3.820943114        17.4670766        #        c3
    95        14        1        0.1        2.134769084        3.007752474        18.26282886        #        h
    96        14        1        0.1        1.514028781        4.683903727        17.74244513        #        h
    97        14        1        0.1        1.896178785        3.392584718        16.45712152        #        h
    98        15        3        -0.2        3.917265191        5.015667876        16.02111634        #        c2
    99        15        4        -0.1        3.998641193        4.011145924        14.84639277        #        c1
    100        15        1        0.1        4.897666089        5.594431726        16.07982273        #        h
    101        15        1        0.1        3.065978306        5.75055145        15.83441674        #        h
    102        15        1        0.1        4.939006898        3.37662508        14.95906748        #        h
    103        15        2        -0.3        2.760859465        3.093975945        14.87373844        #        c3
    104        15        1        0.1        2.662084061        2.619668344        15.90566658        #        h
    105        15        1        0.1        1.827667315        3.708240197        14.64695263        #        h
    106        15        1        0.1        2.877020838        2.275426513        14.08882869        #        h
    107        16        3        -0.2        4.06509161        4.787949398        13.51158561        #        c2
    108        16        4        -0.1        4.428846555        3.907042471        12.29349338        #        c1
    109        16        1        0.1        4.841671056        5.616852335        13.60876709        #        h
    110        16        1        0.1        3.04201142        5.262567892        13.34532028        #        h
    111        16        1        0.1        5.511397683        3.561806949        12.38566409        #        h
    112        16        2        -0.3        3.501673838        2.677238778        12.24676857        #        c3
    113        16        1        0.1        3.2392294         2.35861356        13.3094072        #        h
    114        16        1        0.1        2.547051155        2.942260871        11.68280158        #        h
    115        16        1        0.1        4.032775676        1.820976458        11.71352787        #        h
    116        17        3        -0.2        4.268236873        4.756236501        11.01253397        #        c2
    117        17        4        -0.1        4.822793954        4.097846382        9.727640848        #        c1
    118        17        1        0.1        4.799567351        5.75272644        11.16840468        #        h
    119        17        1        0.1        3.152821337        4.955189726        10.88657464        #        h
    120        17        1        0.1        5.95919602        4.03513285        9.79288894        #        h
    121        17        2        -0.3        4.239409952        2.682361439        9.556874357        #        c3
    122        17        1        0.1        3.876717484        2.296493948        10.56640911        #        h
    123        17        1        0.1        3.364512708        2.717458517        8.826858623        #        h
    124        17        1        0.1        5.045280177        1.98563627        9.150983757        #        h
    125        18        3        -0.2        4.424265105        4.999074268        8.537669901        #        c2
    126        18        4        -0.1        5.068395473        4.633164998        7.180382216        #        c1
    127        18        1        0.1        4.703773749        6.074879266        8.790886189        #        h
    128        18        1        0.1        3.289585307        4.932597257        8.450019907        #        h
    129        18        1        0.1        6.193739085        4.807006716        7.234978638        #        h
    130        18        2        -0.3        4.793608777        3.161714224        6.817998936        #        c3
    131        18        1        0.1        4.421322547        2.606134436        7.741218311        #        h
    132        18        1        0.1        4.000964446        3.113434166        6.000084544        #        h
    133        18        1        0.1        5.755142768        2.676410054        6.44445884        #        h
    134        19        3        -0.2        4.450786508        5.587001815        6.135100715        #        c2
    135        19        4        -0.1        5.086937669        5.547465361        4.727622475        #        c1
    136        19        1        0.1        4.525125192        6.652690065        6.533073429        #        h
    137        19        1        0.1        3.348126459        5.307077131        6.061732178        #        h
    138        19        1        0.1        6.173871005        5.883244407        4.801299574        #        h
    139        19        2        -0.3        5.036472139        4.145151571        4.094734616        #        c3
    140        19        1        0.1        4.704141636        3.386465063        4.878029685        #        h
    141        19        1        0.1        4.295845856        4.145803972        3.228090375        #        h
    142        19        1        0.1        6.072055233        3.864666978        3.709382816        #        h
    143        20        3        -0.2        4.299060334        6.573485034        3.885695467        #        c2
    144        20        3        -0.2        4.808565021        6.776687581        2.442598716        #        c2
    145        20        1        0.1        4.326966297        7.578528105        4.423012543        #        h
    146        20        1        0.1        3.21948525        6.208193439        3.859625457        #        h
    147        20        1        0.1        4.264659561        7.666943851        1.983022177        #        h
    148        20        2        -0.3        4.598215355        5.545705216        1.538867641        #        c3
    149        20        1        0.1        4.238247086        4.667620513        2.170524238        #        h
    150        20        1        0.1        3.817772397        5.7869816         0.743698185        #        h
    151        20        1        0.1        5.583066993        5.272167912        1.034046331        #        h
    152        20        1        0.1        5.926422731        6.999428055        2.462112271        #        h

    Bonds

         1   1      1      2
         2   2      2      3
         3   1      4      2
         4   1      5      2
         5   3      6      3
         6   3      7      3
         7   4      3      8
         8   4      8      9
         9   3     10      8
        10   3     11      8
        11   3     12      9
        12   3     13      9
        13   4      9     14
        14   4     14     15
        15   3     16     14
        16   3     17     14
        17   3     18     15
        18   3     19     15
        19   4     15     20
        20   4     20     21
        21   3     22     20
        22   3     23     20
        23   3     24     21
        24   3     25     21
        25   4     21     26
        26   4     26     27
        27   3     28     26
        28   3     29     26
        29   3     30     27
        30   3     31     27
        31   4     27     32
        32   4     32     33
        33   3     34     32
        34   3     35     32
        35   3     36     33
        36   3     37     33
        37   4     33     38
        38   4     38     39
        39   3     40     38
        40   3     41     38
        41   3     42     39
        42   3     43     39
        43   4     39     44
        44   4     44     45
        45   3     46     44
        46   3     47     44
        47   3     48     45
        48   3     49     45
        49   4     45     50
        50   4     50     51
        51   3     52     50
        52   3     53     50
        53   3     54     51
        54   3     55     51
        55   4     51     56
        56   4     56     57
        57   3     58     56
        58   3     59     56
        59   3     60     57
        60   3     61     57
        61   4     57     62
        62   5     62     63
        63   3     64     62
        64   3     65     62
        65   6     66     63
        66   7     67     63
        67   5     71     63
        68   1     70     67
        69   1     68     67
        70   1     69     67
        71   5     71     72
        72   3     73     71
        73   3     74     71
        74   6     75     72
        75   7     76     72
        76   5     80     72
        77   1     79     76
        78   1     77     76
        79   1     78     76
        80   5     80     81
        81   3     82     80
        82   3     83     80
        83   6     84     81
        84   7     85     81
        85   5     89     81
        86   1     88     85
        87   1     86     85
        88   1     87     85
        89   5     89     90
        90   3     91     89
        91   3     92     89
        92   6     93     90
        93   7     94     90
        94   5     98     90
        95   1     97     94
        96   1     95     94
        97   1     96     94
        98   5     98     99
        99   3    100     98
       100   3    101     98
       101   6    102     99
       102   7    103     99
       103   5    107     99
       104   1    106    103
       105   1    104    103
       106   1    105    103
       107   5    107    108
       108   3    109    107
       109   3    110    107
       110   6    111    108
       111   7    112    108
       112   5    116    108
       113   1    115    112
       114   1    113    112
       115   1    114    112
       116   5    116    117
       117   3    118    116
       118   3    119    116
       119   6    120    117
       120   7    121    117
       121   5    125    117
       122   1    124    121
       123   1    122    121
       124   1    123    121
       125   5    125    126
       126   3    127    125
       127   3    128    125
       128   6    129    126
       129   7    130    126
       130   5    134    126
       131   1    133    130
       132   1    131    130
       133   1    132    130
       134   5    134    135
       135   3    136    134
       136   3    137    134
       137   6    138    135
       138   7    139    135
       139   5    143    135
       140   1    142    139
       141   1    140    139
       142   1    141    139
       143   4    143    144
       144   3    145    143
       145   3    146    143
       146   3    147    144
       147   2    148    144
       148   3    152    144
       149   1    151    148
       150   1    149    148
       151   1    150    148

    Angles

         1   1      1      2      3
         2   2      1      2      4
         3   2      1      2      5
         4   1      4      2      3
         5   1      5      2      3
         6   2      4      2      5
         7   3      6      3      2
         8   3      7      3      2
         9   4      2      3      8
        10   5      6      3      7
        11   6      6      3      8
        12   6      7      3      8
        13   6     10      8      9
        14   6     11      8      9
        15   7      9      8      3
        16   5     10      8     11
        17   6     10      8      3
        18   6     11      8      3
        19   6     12      9      8
        20   6     13      9      8
        21   7      8      9     14
        22   5     12      9     13
        23   6     12      9     14
        24   6     13      9     14
        25   6     16     14     15
        26   6     17     14     15
        27   7     15     14      9
        28   5     16     14     17
        29   6     16     14      9
        30   6     17     14      9
        31   6     18     15     14
        32   6     19     15     14
        33   7     14     15     20
        34   5     18     15     19
        35   6     18     15     20
        36   6     19     15     20
        37   6     22     20     21
        38   6     23     20     21
        39   7     21     20     15
        40   5     22     20     23
        41   6     22     20     15
        42   6     23     20     15
        43   6     24     21     20
        44   6     25     21     20
        45   7     20     21     26
        46   5     24     21     25
        47   6     24     21     26
        48   6     25     21     26
        49   6     28     26     27
        50   6     29     26     27
        51   7     27     26     21
        52   5     28     26     29
        53   6     28     26     21
        54   6     29     26     21
        55   6     30     27     26
        56   6     31     27     26
        57   7     26     27     32
        58   5     30     27     31
        59   6     30     27     32
        60   6     31     27     32
        61   6     34     32     33
        62   6     35     32     33
        63   7     33     32     27
        64   5     34     32     35
        65   6     34     32     27
        66   6     35     32     27
        67   6     36     33     32
        68   6     37     33     32
        69   7     32     33     38
        70   5     36     33     37
        71   6     36     33     38
        72   6     37     33     38
        73   6     40     38     39
        74   6     41     38     39
        75   7     39     38     33
        76   5     40     38     41
        77   6     40     38     33
        78   6     41     38     33
        79   6     42     39     38
        80   6     43     39     38
        81   7     38     39     44
        82   5     42     39     43
        83   6     42     39     44
        84   6     43     39     44
        85   6     46     44     45
        86   6     47     44     45
        87   7     45     44     39
        88   5     46     44     47
        89   6     46     44     39
        90   6     47     44     39
        91   6     48     45     44
        92   6     49     45     44
        93   7     44     45     50
        94   5     48     45     49
        95   6     48     45     50
        96   6     49     45     50
        97   6     52     50     51
        98   6     53     50     51
        99   7     51     50     45
       100   5     52     50     53
       101   6     52     50     45
       102   6     53     50     45
       103   6     54     51     50
       104   6     55     51     50
       105   7     50     51     56
       106   5     54     51     55
       107   6     54     51     56
       108   6     55     51     56
       109   6     58     56     57
       110   6     59     56     57
       111   7     57     56     51
       112   5     58     56     59
       113   6     58     56     51
       114   6     59     56     51
       115   6     60     57     56
       116   6     61     57     56
       117   7     56     57     62
       118   5     60     57     61
       119   6     60     57     62
       120   6     61     57     62
       121   8     64     62     63
       122   8     65     62     63
       123   9     57     62     63
       124   5     64     62     65
       125   6     64     62     57
       126   6     65     62     57
       127  10     66     63     62
       128  11     67     63     62
       129  12     62     63     71
       130  13     66     63     67
       131  10     66     63     71
       132  11     67     63     71
       133  14     70     67     63
       134   2     70     67     68
       135   2     70     67     69
       136  14     68     67     63
       137  14     69     67     63
       138   2     68     67     69
       139   8     73     71     72
       140   8     74     71     72
       141  15     72     71     63
       142   5     73     71     74
       143   8     73     71     63
       144   8     74     71     63
       145  10     75     72     71
       146  11     76     72     71
       147  12     71     72     80
       148  13     75     72     76
       149  10     75     72     80
       150  11     76     72     80
       151  14     79     76     72
       152   2     79     76     77
       153   2     79     76     78
       154  14     77     76     72
       155  14     78     76     72
       156   2     77     76     78
       157   8     82     80     81
       158   8     83     80     81
       159  15     81     80     72
       160   5     82     80     83
       161   8     82     80     72
       162   8     83     80     72
       163  10     84     81     80
       164  11     85     81     80
       165  12     80     81     89
       166  13     84     81     85
       167  10     84     81     89
       168  11     85     81     89
       169  14     88     85     81
       170   2     88     85     86
       171   2     88     85     87
       172  14     86     85     81
       173  14     87     85     81
       174   2     86     85     87
       175   8     91     89     90
       176   8     92     89     90
       177  15     90     89     81
       178   5     91     89     92
       179   8     91     89     81
       180   8     92     89     81
       181  10     93     90     89
       182  11     94     90     89
       183  12     89     90     98
       184  13     93     90     94
       185  10     93     90     98
       186  11     94     90     98
       187  14     97     94     90
       188   2     97     94     95
       189   2     97     94     96
       190  14     95     94     90
       191  14     96     94     90
       192   2     95     94     96
       193   8    100     98     99
       194   8    101     98     99
       195  15     99     98     90
       196   5    100     98    101
       197   8    100     98     90
       198   8    101     98     90
       199  10    102     99     98
       200  11    103     99     98
       201  12     98     99    107
       202  13    102     99    103
       203  10    102     99    107
       204  11    103     99    107
       205  14    106    103     99
       206   2    106    103    104
       207   2    106    103    105
       208  14    104    103     99
       209  14    105    103     99
       210   2    104    103    105
       211   8    109    107    108
       212   8    110    107    108
       213  15    108    107     99
       214   5    109    107    110
       215   8    109    107     99
       216   8    110    107     99
       217  10    111    108    107
       218  11    112    108    107
       219  12    107    108    116
       220  13    111    108    112
       221  10    111    108    116
       222  11    112    108    116
       223  14    115    112    108
       224   2    115    112    113
       225   2    115    112    114
       226  14    113    112    108
       227  14    114    112    108
       228   2    113    112    114
       229   8    118    116    117
       230   8    119    116    117
       231  15    117    116    108
       232   5    118    116    119
       233   8    118    116    108
       234   8    119    116    108
       235  10    120    117    116
       236  11    121    117    116
       237  12    116    117    125
       238  13    120    117    121
       239  10    120    117    125
       240  11    121    117    125
       241  14    124    121    117
       242   2    124    121    122
       243   2    124    121    123
       244  14    122    121    117
       245  14    123    121    117
       246   2    122    121    123
       247   8    127    125    126
       248   8    128    125    126
       249  15    126    125    117
       250   5    127    125    128
       251   8    127    125    117
       252   8    128    125    117
       253  10    129    126    125
       254  11    130    126    125
       255  12    125    126    134
       256  13    129    126    130
       257  10    129    126    134
       258  11    130    126    134
       259  14    133    130    126
       260   2    133    130    131
       261   2    133    130    132
       262  14    131    130    126
       263  14    132    130    126
       264   2    131    130    132
       265   8    136    134    135
       266   8    137    134    135
       267  15    135    134    126
       268   5    136    134    137
       269   8    136    134    126
       270   8    137    134    126
       271  10    138    135    134
       272  11    139    135    134
       273  12    134    135    143
       274  13    138    135    139
       275  10    138    135    143
       276  11    139    135    143
       277  14    142    139    135
       278   2    142    139    140
       279   2    142    139    141
       280  14    140    139    135
       281  14    141    139    135
       282   2    140    139    141
       283   6    145    143    144
       284   6    146    143    144
       285   9    144    143    135
       286   5    145    143    146
       287   8    145    143    135
       288   8    146    143    135
       289   6    147    144    143
       290   4    148    144    143
       291   6    152    144    143
       292   3    147    144    148
       293   5    147    144    152
       294   3    152    144    148
       295   1    151    148    144
       296   2    151    148    149
       297   2    151    148    150
       298   1    149    148    144
       299   1    150    148    144
       300   2    149    148    150

    Dihedrals

         1   1      1      2      3      6
         2   1      1      2      3      7
         3   2      1      2      3      8
         4   1      4      2      3      6
         5   1      4      2      3      7
         6   2      4      2      3      8
         7   1      5      2      3      6
         8   1      5      2      3      7
         9   2      5      2      3      8
        10   3      2      3      8      9
        11   4     10      8      3      2
        12   4     11      8      3      2
        13   5      6      3      8      9
        14   6      6      3      8     10
        15   6      6      3      8     11
        16   5      7      3      8      9
        17   6      7      3      8     10
        18   6      7      3      8     11
        19   6     10      8      9     12
        20   6     10      8      9     13
        21   5     10      8      9     14
        22   6     11      8      9     12
        23   6     11      8      9     13
        24   5     11      8      9     14
        25   5     12      9      8      3
        26   5     13      9      8      3
        27   7      3      8      9     14
        28   7      8      9     14     15
        29   5     16     14      9      8
        30   5     17     14      9      8
        31   5     12      9     14     15
        32   6     12      9     14     16
        33   6     12      9     14     17
        34   5     13      9     14     15
        35   6     13      9     14     16
        36   6     13      9     14     17
        37   6     16     14     15     18
        38   6     16     14     15     19
        39   5     16     14     15     20
        40   6     17     14     15     18
        41   6     17     14     15     19
        42   5     17     14     15     20
        43   5     18     15     14      9
        44   5     19     15     14      9
        45   7      9     14     15     20
        46   7     14     15     20     21
        47   5     22     20     15     14
        48   5     23     20     15     14
        49   5     18     15     20     21
        50   6     18     15     20     22
        51   6     18     15     20     23
        52   5     19     15     20     21
        53   6     19     15     20     22
        54   6     19     15     20     23
        55   6     22     20     21     24
        56   6     22     20     21     25
        57   5     22     20     21     26
        58   6     23     20     21     24
        59   6     23     20     21     25
        60   5     23     20     21     26
        61   5     24     21     20     15
        62   5     25     21     20     15
        63   7     15     20     21     26
        64   7     20     21     26     27
        65   5     28     26     21     20
        66   5     29     26     21     20
        67   5     24     21     26     27
        68   6     24     21     26     28
        69   6     24     21     26     29
        70   5     25     21     26     27
        71   6     25     21     26     28
        72   6     25     21     26     29
        73   6     28     26     27     30
        74   6     28     26     27     31
        75   5     28     26     27     32
        76   6     29     26     27     30
        77   6     29     26     27     31
        78   5     29     26     27     32
        79   5     30     27     26     21
        80   5     31     27     26     21
        81   7     21     26     27     32
        82   7     26     27     32     33
        83   5     34     32     27     26
        84   5     35     32     27     26
        85   5     30     27     32     33
        86   6     30     27     32     34
        87   6     30     27     32     35
        88   5     31     27     32     33
        89   6     31     27     32     34
        90   6     31     27     32     35
        91   6     34     32     33     36
        92   6     34     32     33     37
        93   5     34     32     33     38
        94   6     35     32     33     36
        95   6     35     32     33     37
        96   5     35     32     33     38
        97   5     36     33     32     27
        98   5     37     33     32     27
        99   7     27     32     33     38
       100   7     32     33     38     39
       101   5     40     38     33     32
       102   5     41     38     33     32
       103   5     36     33     38     39
       104   6     36     33     38     40
       105   6     36     33     38     41
       106   5     37     33     38     39
       107   6     37     33     38     40
       108   6     37     33     38     41
       109   6     40     38     39     42
       110   6     40     38     39     43
       111   5     40     38     39     44
       112   6     41     38     39     42
       113   6     41     38     39     43
       114   5     41     38     39     44
       115   5     42     39     38     33
       116   5     43     39     38     33
       117   7     33     38     39     44
       118   7     38     39     44     45
       119   5     46     44     39     38
       120   5     47     44     39     38
       121   5     42     39     44     45
       122   6     42     39     44     46
       123   6     42     39     44     47
       124   5     43     39     44     45
       125   6     43     39     44     46
       126   6     43     39     44     47
       127   6     46     44     45     48
       128   6     46     44     45     49
       129   5     46     44     45     50
       130   6     47     44     45     48
       131   6     47     44     45     49
       132   5     47     44     45     50
       133   5     48     45     44     39
       134   5     49     45     44     39
       135   7     39     44     45     50
       136   7     44     45     50     51
       137   5     52     50     45     44
       138   5     53     50     45     44
       139   5     48     45     50     51
       140   6     48     45     50     52
       141   6     48     45     50     53
       142   5     49     45     50     51
       143   6     49     45     50     52
       144   6     49     45     50     53
       145   6     52     50     51     54
       146   6     52     50     51     55
       147   5     52     50     51     56
       148   6     53     50     51     54
       149   6     53     50     51     55
       150   5     53     50     51     56
       151   5     54     51     50     45
       152   5     55     51     50     45
       153   7     45     50     51     56
       154   7     50     51     56     57
       155   5     58     56     51     50
       156   5     59     56     51     50
       157   5     54     51     56     57
       158   6     54     51     56     58
       159   6     54     51     56     59
       160   5     55     51     56     57
       161   6     55     51     56     58
       162   6     55     51     56     59
       163   6     58     56     57     60
       164   6     58     56     57     61
       165   5     58     56     57     62
       166   6     59     56     57     60
       167   6     59     56     57     61
       168   5     59     56     57     62
       169   5     60     57     56     51
       170   5     61     57     56     51
       171   7     51     56     57     62
       172   8     56     57     62     63
       173   5     64     62     57     56
       174   5     65     62     57     56
       175   9     60     57     62     63
       176   6     60     57     62     64
       177   6     60     57     62     65
       178   9     61     57     62     63
       179   6     61     57     62     64
       180   6     61     57     62     65
       181  10     64     62     63     66
       182  11     64     62     63     67
       183  12     64     62     63     71
       184  10     65     62     63     66
       185  11     65     62     63     67
       186  12     65     62     63     71
       187  13     57     62     63     66
       188  14     57     62     63     67
       189  15     57     62     63     71
       190  16     70     67     63     62
       191  16     68     67     63     62
       192  16     69     67     63     62
       193  17     70     67     63     66
       194  17     68     67     63     66
       195  17     69     67     63     66
       196  16     70     67     63     71
       197  16     68     67     63     71
       198  16     69     67     63     71
       199  18     72     71     63     62
       200  12     73     71     63     62
       201  12     74     71     63     62
       202  19     72     71     63     66
       203  10     73     71     63     66
       204  10     74     71     63     66
       205  20     72     71     63     67
       206  11     73     71     63     67
       207  11     74     71     63     67
       208  10     73     71     72     75
       209  11     73     71     72     76
       210  12     73     71     72     80
       211  10     74     71     72     75
       212  11     74     71     72     76
       213  12     74     71     72     80
       214  19     63     71     72     75
       215  20     63     71     72     76
       216  18     63     71     72     80
       217  16     79     76     72     71
       218  16     77     76     72     71
       219  16     78     76     72     71
       220  17     79     76     72     75
       221  17     77     76     72     75
       222  17     78     76     72     75
       223  16     79     76     72     80
       224  16     77     76     72     80
       225  16     78     76     72     80
       226  18     81     80     72     71
       227  12     82     80     72     71
       228  12     83     80     72     71
       229  19     81     80     72     75
       230  10     82     80     72     75
       231  10     83     80     72     75
       232  20     81     80     72     76
       233  11     82     80     72     76
       234  11     83     80     72     76
       235  10     82     80     81     84
       236  11     82     80     81     85
       237  12     82     80     81     89
       238  10     83     80     81     84
       239  11     83     80     81     85
       240  12     83     80     81     89
       241  19     72     80     81     84
       242  20     72     80     81     85
       243  18     72     80     81     89
       244  16     88     85     81     80
       245  16     86     85     81     80
       246  16     87     85     81     80
       247  17     88     85     81     84
       248  17     86     85     81     84
       249  17     87     85     81     84
       250  16     88     85     81     89
       251  16     86     85     81     89
       252  16     87     85     81     89
       253  18     90     89     81     80
       254  12     91     89     81     80
       255  12     92     89     81     80
       256  19     90     89     81     84
       257  10     91     89     81     84
       258  10     92     89     81     84
       259  20     90     89     81     85
       260  11     91     89     81     85
       261  11     92     89     81     85
       262  10     91     89     90     93
       263  11     91     89     90     94
       264  12     91     89     90     98
       265  10     92     89     90     93
       266  11     92     89     90     94
       267  12     92     89     90     98
       268  19     81     89     90     93
       269  20     81     89     90     94
       270  18     81     89     90     98
       271  16     97     94     90     89
       272  16     95     94     90     89
       273  16     96     94     90     89
       274  17     97     94     90     93
       275  17     95     94     90     93
       276  17     96     94     90     93
       277  16     97     94     90     98
       278  16     95     94     90     98
       279  16     96     94     90     98
       280  18     99     98     90     89
       281  12    100     98     90     89
       282  12    101     98     90     89
       283  19     99     98     90     93
       284  10    100     98     90     93
       285  10    101     98     90     93
       286  20     99     98     90     94
       287  11    100     98     90     94
       288  11    101     98     90     94
       289  10    100     98     99    102
       290  11    100     98     99    103
       291  12    100     98     99    107
       292  10    101     98     99    102
       293  11    101     98     99    103
       294  12    101     98     99    107
       295  19     90     98     99    102
       296  20     90     98     99    103
       297  18     90     98     99    107
       298  16    106    103     99     98
       299  16    104    103     99     98
       300  16    105    103     99     98
       301  17    106    103     99    102
       302  17    104    103     99    102
       303  17    105    103     99    102
       304  16    106    103     99    107
       305  16    104    103     99    107
       306  16    105    103     99    107
       307  18    108    107     99     98
       308  12    109    107     99     98
       309  12    110    107     99     98
       310  19    108    107     99    102
       311  10    109    107     99    102
       312  10    110    107     99    102
       313  20    108    107     99    103
       314  11    109    107     99    103
       315  11    110    107     99    103
       316  10    109    107    108    111
       317  11    109    107    108    112
       318  12    109    107    108    116
       319  10    110    107    108    111
       320  11    110    107    108    112
       321  12    110    107    108    116
       322  19     99    107    108    111
       323  20     99    107    108    112
       324  18     99    107    108    116
       325  16    115    112    108    107
       326  16    113    112    108    107
       327  16    114    112    108    107
       328  17    115    112    108    111
       329  17    113    112    108    111
       330  17    114    112    108    111
       331  16    115    112    108    116
       332  16    113    112    108    116
       333  16    114    112    108    116
       334  18    117    116    108    107
       335  12    118    116    108    107
       336  12    119    116    108    107
       337  19    117    116    108    111
       338  10    118    116    108    111
       339  10    119    116    108    111
       340  20    117    116    108    112
       341  11    118    116    108    112
       342  11    119    116    108    112
       343  10    118    116    117    120
       344  11    118    116    117    121
       345  12    118    116    117    125
       346  10    119    116    117    120
       347  11    119    116    117    121
       348  12    119    116    117    125
       349  19    108    116    117    120
       350  20    108    116    117    121
       351  18    108    116    117    125
       352  16    124    121    117    116
       353  16    122    121    117    116
       354  16    123    121    117    116
       355  17    124    121    117    120
       356  17    122    121    117    120
       357  17    123    121    117    120
       358  16    124    121    117    125
       359  16    122    121    117    125
       360  16    123    121    117    125
       361  18    126    125    117    116
       362  12    127    125    117    116
       363  12    128    125    117    116
       364  19    126    125    117    120
       365  10    127    125    117    120
       366  10    128    125    117    120
       367  20    126    125    117    121
       368  11    127    125    117    121
       369  11    128    125    117    121
       370  10    127    125    126    129
       371  11    127    125    126    130
       372  12    127    125    126    134
       373  10    128    125    126    129
       374  11    128    125    126    130
       375  12    128    125    126    134
       376  19    117    125    126    129
       377  20    117    125    126    130
       378  18    117    125    126    134
       379  16    133    130    126    125
       380  16    131    130    126    125
       381  16    132    130    126    125
       382  17    133    130    126    129
       383  17    131    130    126    129
       384  17    132    130    126    129
       385  16    133    130    126    134
       386  16    131    130    126    134
       387  16    132    130    126    134
       388  18    135    134    126    125
       389  12    136    134    126    125
       390  12    137    134    126    125
       391  19    135    134    126    129
       392  10    136    134    126    129
       393  10    137    134    126    129
       394  20    135    134    126    130
       395  11    136    134    126    130
       396  11    137    134    126    130
       397  10    136    134    135    138
       398  11    136    134    135    139
       399  12    136    134    135    143
       400  10    137    134    135    138
       401  11    137    134    135    139
       402  12    137    134    135    143
       403  19    126    134    135    138
       404  20    126    134    135    139
       405  18    126    134    135    143
       406  16    142    139    135    134
       407  16    140    139    135    134
       408  16    141    139    135    134
       409  17    142    139    135    138
       410  17    140    139    135    138
       411  17    141    139    135    138
       412  16    142    139    135    143
       413  16    140    139    135    143
       414  16    141    139    135    143
       415  15    144    143    135    134
       416  12    145    143    135    134
       417  12    146    143    135    134
       418  13    144    143    135    138
       419  10    145    143    135    138
       420  10    146    143    135    138
       421  14    144    143    135    139
       422  11    145    143    135    139
       423  11    146    143    135    139
       424   6    145    143    144    147
       425   4    145    143    144    148
       426   6    145    143    144    152
       427   6    146    143    144    147
       428   4    146    143    144    148
       429   6    146    143    144    152
       430   9    147    144    143    135
       431  21    148    144    143    135
       432   9    152    144    143    135
       433   2    151    148    144    143
       434   2    149    148    144    143
       435   2    150    148    144    143
       436   1    151    148    144    147
       437   1    149    148    144    147
       438   1    150    148    144    147
       439   1    151    148    144    152
       440   1    149    148    144    152
       441   1    150    148    144    152,

  • cl1994861

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by l532982747 at 2018-06-26 16:56:19
    好吧,这是data完整的文件,也贴出来吧。。。有点长

    152 atoms
    151 bonds
    300 angles
    441 dihedrals

    4 atom types
    7 bond types
    15 angle types
    21 dihedral types

    1.5    6.5  xlo xhi
    1.8   8.0  ...

    Bonds defined but no bond types
    The data file header lists bonds but no bond types.这是官网的解释

  • l532982747

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by cl1994861 at 2018-06-27 09:22:02
    Bonds defined but no bond types
    The data file header lists bonds but no bond types.这是官网的解释...

    这个我也看到了,可是,bond types 不是写了么?无论是键的种类数还是键的参数,都在data文件里了,style也在in文件里写了,为什么会出这样的问题呢?

猜你喜欢
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流
  • 二维码
  • IOS
  • 安卓