现在一般是测部分可变区，这部分区域的长度是可以测通的，就是说reads1和reads2之间有一段重叠，根据overlap拼接

测序的时候他们应该是设计好的，可以有overlap，如果给你的数据是两部分，可以自己用DNAMAN等软件拼接，也可以找公司要一个拼接好的序列，

其实word就搞定了，正向反向互补一下一对比，搞定