NCBI BLAST和构建发育树，哪种方法能够更准确地确认序列的种属
求助！！！！
最近在构建发育树的时候发现个问题：我自己扩增出来的序列（环境样品），在NCBI上与已知种属序列A的相似度到达98%。可是在构建发育树的时候，我自己扩增出来的序列，怎么都跟参考序列A建不到一簇，反而跟参考序列B建到一块了（其中，参考序列A和参考序列B属于同一个属，但是不同种）。而与参考序列A的相似度仅为95%的序列，竟与参考序列A建到一簇了。为什么？？？？？
1、细菌16S的序列，相似度为多少能归到一个种？
2、NCBI BLAST的结果与发育树的结果为什么不能一一对应？哪个方法更能确认序列的种属呢？
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京公网安备 11010802022153号
我扩增出来的序列，在NCBI上对比，几乎都是99％，下载下来序列后去MEGA上对比，星号很少，就是一样的很少，为什么呢？
你是不是应该只下载比对上的那一段序列？
你是不是挑选的序列都比较相似？建议找一些近缘物种的，不是太相似的序列放一起建树，如果你所有序列之间都比较相似，软件也不好区分。
用于建树的，还有其他同属不同种的序列，也还有其他不同属的序列
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有没有做align，有没有两端截齐，序列长度多少？aa还是nt序列？是选择的NJ吗？