大神你好!我最近在做水分子动力学模拟~在算常温常压下水扩散系...
大神你好!我最近在做水分子动力学模拟~在算常温常压下水扩散系数时,先构建256个水分子无定型体系,再用forcite模块优化结构,用NVT做分子动力学模拟,时间步长0.5fs,模拟时间200ps,之后再NVT模拟50ps计算扩散系数,最后结果总是4点多,看文献上是2点多,请问这是系综选择的问题吗?但我感觉系综影响应该不是太大吧?我后来全用NPT又尝试了一下,扩散系数还是4点多,请问这有什么解决办法吗?谢谢 返回小木虫查看更多
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要重复文献的结果,首先要保证自己模型和计算参数设置与文献完全一致。此外,文献要找好一些的,并不是所有文献结果都可信。
嗯嗯,谢谢您回复!模型和步骤按照表面上(文献上写的大步骤)应该是一致的~用msd斜率算扩散系数我一般取50ps在NVT系综里进行,一般系统平衡后(前面已经算平衡),这50ps内的msd曲线近乎是直线,只有可能在尾部有一些偏斜。您觉得256个分子体系常温常压下这样用这样的系综和时间算扩散系数合理吗?真的感谢您(^_^) ,
参数设置和文献一致吗?力场 截断半径 之类的
此外 不知道256个分子对应的盒子有多大 盒子尺寸(三个边长均需要)一般需要截断半径的两倍 你可以用两个不同尺寸的盒子进行同样的计算 再比较
请问楼主问题解决了吗