真菌分为酵母样真菌和丝状真菌。酵母样真菌主要包括白色念珠菌、马拉色菌、酿酒酵母等，主要表现为单个细胞，偶尔可见“假菌丝”即分裂产生多个细胞，但是这些细胞表现成串不分开。丝状真菌主要为红色毛癣菌、黄曲霉、青霉等，主要特征为孢子萌发为菌丝态且菌丝朝外围生长，菌丝分为气生菌丝和营养菌丝。酵母样真菌一般不需要过滤，只要培养适当，显微镜下可以清晰分清几个孢子或细胞。而丝状真菌必须要过滤，这样才能排除菌丝的干扰，滤液中仅存小分生孢子或大分生孢子为宜，