请教如何用VASP计算氧化物的晶格常数?以alpha-Al2O3为例
如题,请教各位虫友,
计算fcc金属(a = b =c),用murg script(Birch Murnaghan equation of state)拟合可以得到优化好的lattice constant (a)。
而金属氧化物,以alpha-Al2O3为例,a = b ≠ c, 如何拟合其晶格常数?(a ?c?)
希望有知道的虫友不吝赐教哦~~~~~~最好是能结合我想计算的alpha-Al2O3的晶格常数(a,c)来给予尽可能详细的说明~~~非常感谢~~~
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我参考了论坛中以下几个帖子,也不是很明白,其中的给出的帮助链接也大都失效。。。。
【原创】elk中的状态方程拟合工具eos
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902&fpage=1
【求助】E-V曲线晶体状态方程拟合问题
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2755021
【求助】利用VASP算出E-V曲线后,怎么拟合得到体弹性模量?
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2069233
【求助成功】测试晶格常数后用什么方程来拟合?
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2026674&page=1
【求助】侯老师的vasp入门的晶格优化部分没看懂,问一下
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2299924
[ Last edited by 天棚元帅 on 2013-2-17 at 10:17 ] 返回小木虫查看更多
正在看侯老师写的中文指南,先试试看能不能算出来比较合理的值,如果解决,就把结果发上来
虫友们有什么建议和意见,请多多指教啊~~~
可以做一系列的c/a的值,画出能量跟c/a 的关系图,找出稳定的c/a
追加问题啊~~
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【侯老师指南上部分内容摘录】
复杂的情况,以六角结构Mg的晶格常数为例
1.以实验的晶格参数为基础做好POSCAR,等
2. 先进行一次体积保持不变的粒子驰豫的计算(ISIF=5)
3 再把优化得到的CONTCAR拷贝成POSCAR,进行一次静态的计算
4 对a的值取10个左右的点,每个点重复上面两步,得到静态计算下volume-Etot的关系。
这三部的脚步可以通过以下脚步run_cell来进行,内容如下:
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 5.20 5.23 5.26 5.29 5.32 5.35 5.38 5.41 5.44 5.47
do
cat > POSCAR << !
ureadopef
$i
0 -1 0
0.8660254 0.5 0
0 0 1.6230530
2
Direct
0.666666667 0.333333333 0.75
0.333333333 0.666666667 0.25
!
cp INCAR.relax INCAR
echo "a=$i angestrom"; mpiexec -np 8 vasp
cp CONTCAR POSCAR
cp INCAR.static INCAR
echo "a= $i angstrom ";mpiexec -np 8 vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`
echo $V $E >>EtVo.dat
done
5.采用状态方程拟合得到的平衡态下的体积,体弹性模量。
6.在该体积下,重复上面第2步和第3步,得到平衡状态下的其他晶胞参数。这一步也就是:在的到了E(V)曲线后,通过状态方程拟合得到平衡状态下的体积,计算出上面脚本中变量$i的值,并改变$i的循环值,再运行run_cell计算一次,得到其他的结构参数c和位置u。
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我是准备计算出Al2O3的晶格参数后,切出表面,作表面的吸附及反应等计算模拟。
仔细看完侯老师的指南,还是有些地方没明白,
1)在我这种情况下,在得到平衡体积以及相应的晶格常数a后,另一个晶格常数c直接不就可以用V/a方算出来了么?为什么还要再重头对晶格常数c算一遍呢?
2)在我的这种情况下,在进行体积保持不变的原子弛豫计算中(侯老师指南),INCAR的ISIF值应该设置为多少呀?4?
3)如何保证在进行体积保持不变的原子弛豫计算中(侯老师指南),a/b值为1呢?还是不用管这个问题呢?
麻烦高手来解答下~~非常感谢~~重金酬谢啊~~
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首先查晶体数据就可以得到参数。如果觉得一定要算算,应该是简单优化即可
问题已于前段时间解决,现来回复下:
解决方案基本采用如下贴中二楼虫友的回复,
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2299924
我的计算结果比实验值超了大概1%,还算合理。
请问怎么运行run-cell?用linux的什么命令啊?
提交任务的命令:“qsub”
如,qsub run-cell