我想做淀粉,蛋白质和脂质三者的相互作用的分子模拟,看到琳琅满目的软件蒙了。。不知道选择哪种分子模拟软件比较合适,求大神指教! 返回小木虫查看更多
看上去好大的体系,你准备模拟体系有多少原子
脂质一个分子就够了吗?gromacs当然可以,但估计需要你捣鼓一段时间。
分子动力学模拟专题培训 两个课程 课程一GROMACS分子动力学模拟课程 GROMACS基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余 GROMACS入门操作的Linux基础命令 1 GROMACS入门操作基础 实例操作:编译安装GROMACS 2 GROMACS建模——掌握基本操作流程 实例操作:GROMACS基本建模工具使用 GROMACS建模计算 1 GROMACS计算——熟练掌握GROMACS计算一整套流程,为模拟蛋白做铺垫 实例操作:建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液 实例操作:模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液(加电磁场) 3 GROMACS数据分析 1 GROMACS数据分析 实例操作:提取各种数据、分析 4,生物大分子建模 1 生物大分子建模(以二氢叶酸还原酶为例) 2 复杂体系建模:蛋白配体复合物(以蓝光受体BLUF为例) 实例操作:多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理,氨基酸质子化状态处理,构建拓扑文件,添加周期性水盒子,添加平衡离子 实例操作:模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化,跑NVT, NPT平衡 5,数据分析 1 查看动态轨迹(采用VMD软件) 分析工具使用 实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,分子轨迹的RMSD,计算回转半径、平均结构等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析 课程二 AMBER分子动力学模拟 1,分子动力学原理 课程1 分子力学(力场) 课程2 能量优化的常用方法 课程3 分子动力学 2, Linux与AMBER和模型构建 课程1 Linux基础 课程2 AMBER软件简介 课程3 模型文件的预处理 上机实践:AMBER实例:蛋白-配体复合物的预处理平行实例:环糊精主客体复合物的预处理 3,MD模拟 课程 能量优化、分子动力学模拟 上机实践:AMBER实例:能量优化、分子动力学模拟 (蛋白体系、环糊精体系) 4,能量计算、 结合自由能计算 AMBER实例:结合自由能计算 (蛋白体系、环糊精体系) AMBER实例:结合自由能分解计算 (蛋白体系、环糊精体系) 5,轨迹分析 课程 分子动力学轨迹分析 AMBER实例:分子动力学轨迹分析 (蛋白体系、环糊精体系) 6,ASMD模拟 课程8ASMD AMBER实例:ASMD模拟 (蛋白体系、环糊精体系) 课程链接:http://flac3d.cn/hdp/jdy.html 联系人:焦东阳 联系方式:18911922251 QQ:1652826636,
看上去好大的体系,你准备模拟体系有多少原子
我刚开始接触,就是想模拟一个淀粉片段,差不多18个葡萄糖残基,葡萄糖采用β-乳球蛋白,PDB里面有,脂质采用一个棕榈酸分子就可以了。Gromacs是不是比较适合?我是学食品的,专业不是分子模拟的,我看着分子模拟的那些原理好复杂,我还能学得会吗。。。。
脂质一个分子就够了吗?gromacs当然可以,但估计需要你捣鼓一段时间。
能加个微信或者QQ吗?想跟您请教一些具体问题
是从头开始学习分子模拟的基本理论还是直接学习Gromacs的使用呢,我们老师说如果我会用了给实验室买个服务器专门做这个。。。。
分子动力学模拟专题培训 两个课程
课程一GROMACS分子动力学模拟课程
GROMACS基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理游刃有余
GROMACS入门操作的Linux基础命令
1 GROMACS入门操作基础 实例操作:编译安装GROMACS
2 GROMACS建模——掌握基本操作流程 实例操作:GROMACS基本建模工具使用
GROMACS建模计算 1 GROMACS计算——熟练掌握GROMACS计算一整套流程,为模拟蛋白做铺垫 实例操作:建立水-甲醇-离子混合特定浓度溶液
实例操作:模拟水-甲醇-离子混合特定浓度溶液(加电磁场)
3 GROMACS数据分析 1 GROMACS数据分析 实例操作:提取各种数据、分析
4,生物大分子建模 1 生物大分子建模(以二氢叶酸还原酶为例) 2 复杂体系建模:蛋白配体复合物(以蓝光受体BLUF为例) 实例操作:多肽分子在水溶剂环境下的建模练习。重点包括二硫键处理,氨基酸质子化状态处理,构建拓扑文件,添加周期性水盒子,添加平衡离子
实例操作:模拟多肽分子的动力学过程。包括能量最小化,跑NVT, NPT平衡
5,数据分析 1 查看动态轨迹(采用VMD软件)
分析工具使用 实例操作:包括在VMD中查看可视化的动态轨迹,分子轨迹的RMSD,计算回转半径、平均结构等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析
课程二 AMBER分子动力学模拟
1,分子动力学原理 课程1 分子力学(力场) 课程2 能量优化的常用方法 课程3 分子动力学
2, Linux与AMBER和模型构建 课程1 Linux基础 课程2 AMBER软件简介 课程3 模型文件的预处理 上机实践:AMBER实例:蛋白-配体复合物的预处理平行实例:环糊精主客体复合物的预处理
3,MD模拟 课程 能量优化、分子动力学模拟 上机实践:AMBER实例:能量优化、分子动力学模拟 (蛋白体系、环糊精体系)
4,能量计算、 结合自由能计算 AMBER实例:结合自由能计算 (蛋白体系、环糊精体系) AMBER实例:结合自由能分解计算 (蛋白体系、环糊精体系)
5,轨迹分析 课程 分子动力学轨迹分析 AMBER实例:分子动力学轨迹分析 (蛋白体系、环糊精体系)
6,ASMD模拟 课程8ASMD AMBER实例:ASMD模拟 (蛋白体系、环糊精体系)
课程链接:http://flac3d.cn/hdp/jdy.html
联系人:焦东阳 联系方式:18911922251 QQ:1652826636,