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晶体解析绝对构型判断

作者 xuxiongbin2002
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
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各位大神,我们最近做了一个单晶衍射,做完之后解析出来的构型是S型,但是根据反应机理推测是R构型,我们确认反应原料没有问题,反应也没有问题,根据现有证据我们很确定应该是R构型,所以对这个单晶衍射给出的S构型结果比较怀疑,但是我对单晶衍射这一块也不懂,以下是这个单晶衍射的数据,做单晶衍射的人说化合物绝对结构参数一般。由于化合物结晶单元原子个数非常多,非氢原子将近180个。解析很困难。因此解析后期外界溶剂分子进行了squeeze处理。请大神指点一下,有没有可能是单晶衍射给出的结论不对?这个结果对我们非常重要,谢谢!
Table 1.  Crystal data and structure refinement for T.
Identification code         T
Empirical formula         C30 H28 F N6 O2
Formula weight         523.58
Temperature         100(2) K
Wavelength         1.54178 Å
Crystal system         Monoclinic
Space group         P21
Unit cell dimensions        a = 10.7497(4) Å        = 90°.
        b = 20.6670(8) Å        = 101.176(2)°.
        c = 27.7242(12) Å         = 90°.
Volume        6042.5(4) Å3
Z        8
Density (calculated)        1.151 Mg/m3
Absorption coefficient        0.643 mm-1
F(000)        2200
Crystal size        0.160 x 0.120 x 0.100 mm3
Theta range for data collection        1.624 to 65.753°.
Index ranges        -11<=h<=11, -23<=k<=24, -32<=l<=31
Reflections collected        18764
Independent reflections        18764 [R(int) = 0.0862]
Completeness to theta = 65.753°        97.0 %
Absorption correction        None
Refinement method        Full-matrix least-squares on F2
Data / restraints / parameters        18764 / 170 / 1404
Goodness-of-fit on F2        1.699
Final R indices [I>2sigma(I)]        R1 = 0.1473, wR2 = 0.3676
R indices (all data)        R1 = 0.1607, wR2 = 0.3908
Absolute structure parameter        0.17(19)
Extinction coefficient        n/a
Largest diff. peak and hole        0.836 and -0.791 e.Å-3 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • xp2012808

    要根据flack因子判断,可能需要做构型翻转

  • lich666

    flack系数误差偏大,反常散射能力弱,此时定绝对构型不准确。用别的方法辅助确定就行。

  • xuxiongbin2002

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by xp2012808 at 2017-12-14 22:07:30
    要根据flack因子判断,可能需要做构型翻转

    你好,能帮忙根据数据看一下绝对构型吗?如果可以,我将单晶数据发给你,谢谢了!

  • 是太阳花呀

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by DJ_Tokyo at 2017-12-14 18:02:31
    我也是初学者,不对之处还请大神指正。

    楼主的Flack参数应该就是下面的:

    Absolute structure parameter        0.17(19)

    0.17与0相比相差较远,应该就是所谓的结构参数一般的意思吧

    1.png
    ...

    你好,请问我解析得到的结构Flack值0.47这个值有什么意义呢

  • 是太阳花呀

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by xp2012808 at 2017-12-14 22:07:30
    要根据flack因子判断,可能需要做构型翻转

    请问Flack0.47该怎么做呢?这个数值有意义吗?

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