怎样在DMol3 结构优化中使构型基本保持不变?
现已知同一物质存在两种不同结构a和b,已知晶胞(supercell)在不带电荷时a结构更为稳定;带有+1电荷时b更稳定。问题是:b结构的supercell在电中性下优化所得结果会变为a结构的supercell,但我需要得到b构型在电中性时的最优supercell,该如何实现?
[ Last edited by lzn_t on 2012-2-20 at 17:37 ] 返回小木虫查看更多
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现已知同一物质存在两种不同结构a和b,已知晶胞(supercell)在不带电荷时a结构更为稳定;带有+1电荷时b更稳定。问题是:b结构的supercell在电中性下优化所得结果会变为a结构的supercell,但我需要得到b构型在电中性时的最优supercell,该如何实现?
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把所有原子选上,然后modify-constraints可不可以?
不知道LZ对于“基本构型”的理解是怎样的,这个词汇很暧昧,很难量化表示。
如果说是比例尺一样放大缩小,但各原子之间的空间对称关系保持不变,可以用分数坐标固定;如果说要各原子的绝对距离都不变,就要迪卡尔坐标固定。
相应的,还有在某轴向上固定其他轴向上变动之类的。
如果LZ想要的是,可以稍微构造变化一点,但是不要变化太多。比如正方体变成底比高为100:99的四方也可以接受,但是如果变成了不一定什么样子的结构就不能接受的话,那LZ就对电脑的智能期待太高了,或者,LZ的行为已经类似于“向着自己想要的结果上取优化”,从而与造结果没什么区别了……
结构优化的原则应该是尊重实验结构,也就是优化后的结构与优化前的结构(实验结构)越接近越好,如果出入太大,就得检查优化的设置,或则程序本身了。如果真如楼主所说,结构优化能够产生这样大的结构调整,楼主应该检查一下设置了。
PS: 个人觉得,楼主的描述是在考察我们的思辨能力,a和b是同一物质,已经说明a的supercell在电中性时最稳定,b的supercell在带一个单位电荷时最稳定,那么在电中性条件下优化b的supercell,得到a的supercell有什么好奇怪的?我想程序想告诉你a的supercell就是电中性条件下b的最优supercell
楼主最好说的具体点,a和b的差异是什么?
是这样的,在电中性时两种结构均存在,虽然a结构的能量更低,也更稳定,但由于b结构向a结构转变时存在能量势垒,所以并非b结构在得到一个电子后一定会转变为a结构。本计算的初衷也是在建立电中性时两种结构的合理模型,然后寻找结构转变的能量路径(energy path of chemical reaction)。由于两种结构的supercell在建立时在某些细节之处没有可靠的数据可供使用,故而需先对所建立的模型结构优化,再计算其反应势垒。但现在问题是电中性时b优化结果即为a结构,无法将优化后的b作为reactant来对待。
另外,已验证在带有+1电荷时,a结构优化后不会变为b结构。因此,估计在电中性时两者之间势垒很小,而带有+1电荷时则势垒稍高。尽管如此,依然想得到其具体的势垒值,但怎样得到电中性时合理的b结构呢,
见4L
见5L
不太清楚你所说的a和b之间到底什么关系,相差多少,如果体现在晶胞参数上,楼主或许可以手动调节晶胞参数,计算势能曲线,得到一个相对能量较低的b的supercell