现在做高通量的公司很多，目前国内测序行业的老大是华大基因。诺禾致源则是专注高通量测序，目前为全国测序平台通量最大公司，而且只需要提供样本即可。个人认为这两个公司较好。

预测为浮霉状菌，红色菌体，丰富在20%-30%间

华大基因都上市了，市值千亿，诺禾致源也是很厉害的公司。不过嘛，楼主的实验其实也并不是太复杂，市场上也有很多其他公司可以做，除了华大和诺禾，金唯智，贝瑞和康，博奥生物，百迈克，爱普益，泛生子，中美泰和，达安基因，安诺优达，美因基因。。。。简直不要太多了，可以说只要有测序仪都能做。不过告诉你一个事情，有的大公司的测序可能都不是自己测得，也是包给其他小公司，你的实验样品量不够的话还会碰上排队上机，凑line。所以吧，还是多跟公司沟通一下。对于你这个实验，如果实验比较重要的话，建议你找一些有经验的，专做16S的给你做菌株鉴定，高通量呢找后面分析能力强的。华大和诺禾固然很好但其他公司也是不错的。你在哪个城市啊？样品如何邮寄，实验周期，价格等等都提前问好。最后祝好，

厌氧氨氧化菌最好做一下绝对定量，高通量测序建议做功能基因的测序这样可以获得种的信息，如果针对16S rRNA基因测序只能到属。看你的实验目的了，祝你成功。

16S通用引物对功能基因的检出率不是太好。
建议检测厌氧氨氧化菌的功能基因，可以用二代高通量测序技术、选择厌氧氨氧化菌的特异性引物来做。
我们公司已经给中科院生态中心、南京土壤所检测过厌氧氨氧化菌哈。