偏向于食品食品应用的应该好找工作一些。提高学历的话就选择考研竞争不那么大的学校。比如某些综合类大学的微生物专业。

首先，确定自己将来的方向，是要继续深造，比如做博士 博后 出国 搞科研 还是仅仅读个硕士学点东西出来就业；
如果选择继续深造读博继续搞研究，那就根据目前自己的水平（学校、自身能力等等）来评估，选择一个合适的地方，比如中科院、山大、上海交大、复旦等等；这个时候就不要管微生物哪个方向了，因为你是做研究，如果能和医学相联系上就更好了，毕竟微生物学属于基础学科 将来很难在CNS上发大papers的；
如果选择读个硕士就出来就业，那就选择一个211的高校就可以了，方向呢，比如搞发酵、分子微生物（偏病毒、致病菌等）等。
祝你好运，

好的，谢谢

建議不要找微生物的系名.
許多具有應用專業的學科, 都是在搞微生物的!
包括農業(植物病理或農藥等), 食品, 醫學檢驗, 醫學制藥等等.
多了解!