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用vasp计算,neb方法找过渡态,能垒高的构像老是跑偏

作者 majun04
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用vasp自带的neb方法找过渡态,乙腈水解(为的是节省计算时间),目的是熟悉一下vasp找过渡态的方法,以便于用vasp研究目前课题的反应机理。
第一个INCAR:
SYSTEM=O the first job of majun
ISMAER=0
SIGMA=0.01
ENCUT=400
NSW=500
IBRION=3
POTIM=0.05
SPRING=-5
IMAGES=8
EDIFF=1E-05
EDIFFG=-0.05
ISPIN=1
计算开始后第四个image很快突出,并且越来越突出,可是后来第三个点的能量起来了,超过了第四个点,到了后来第三个点的能量相对于第二个点也不突出了。感觉不对,杀掉文件。
在第二个INCAR在incar-1的基础上修改参数IMAGES=4(提供了新的构象文件); EDIFFG=-0.1; 增加参数LCLIMB=.TRUE.
计算开始后第三个点很快突出,并且越来越突出,可是后来第三个点的能量下降,第二个点能量增加,并超过了第三个点,然后一直处于领先优势。为啥?!用vesta看发现时第三个点自己构想明显朝着末态方向变化了,堕落了。能量也是越来越接近最后一个image点的能量。这个时候发现第二个点的能量也在下降,构像也有变化。最后第二个image点的能量越来越低,结构越来越接近初始态结构,失败了。
第三个INCAR在第二个incar-2的基础上,增加参数:IOPT=3
吃饭回来后,发现nebdf.pl后,输出的能量都接近零了,失败了。

一直在用Gaussian,这是第一次用vasp找过渡态,请高手帮忙看看是怎么回事啊?谢谢! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • hakuna

    VASP自带的neb不是这么玩的,建议编译时加入VTST第三方代码,然后按CNEB去玩,另外,找个简单问题体验一下,譬如表面上原子扩散之类的,再弄复杂些的;如果是分子反应,不建议用vasp,建议用Gaussian之类的更好些

  • majun04

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by hakuna at 2017-11-07 17:22:22
    VASP自带的neb不是这么玩的,建议编译时加入VTST第三方代码,然后按CNEB去玩,另外,找个简单问题体验一下,譬如表面上原子扩散之类的,再弄复杂些的;如果是分子反应,不建议用vasp,建议用Gaussian之类的更好些

    谢谢你的回复
    请问,这个自带的neb是应该怎么调用?您能帮我写一个INCAR吗?
    还有就是如果我想知道一下我用的服务器上有没有编译好CNEB,请问应该怎么测试一下啊,或者输入什么命令看一下才好。

    我现在是想着节省计算时间,熟悉一下vasp,不是用vasp找有机小分子的反应过渡态。这个就是练习用的,

  • majun04

    以前是用gaussian计算均想反应机理的。因为gaussian计算块体不是强项,周期性的块体表面也解决不了。现在在学vasp,期望解决块体表面催化反应机理。这两天很困惑,我选择得体系都是比较普通的,难道是有什么问题?还有因为刚刚开始用vasp,服务器上没有进行任何编译,现在想着先走通一个过渡态,感觉一下vasp计算反应机理是怎么回事。
    现请教大家:
    第一, 用vasp找过渡态,如果在比较明确过渡态的结构了,是不是用dimer方法比neb方法要节省时间?
    第二, 那么用dimer方法时候,需要MODECAR,这个modecar又需要两个POSCAR, 这两个POSCAR分别对应与一个是反应初始态构象,一个是你设计的过渡态构象?
    第三, 对于vasp而言如果自带的neb不好用,是不是用cl-neb是必须要编译,这个cl-neb不是vasp开发的,是vtst开发的,这个需要版权吗?是不是网上随便下载就可以拿来用。
    第四,如果用dimer方法找过渡态,是不是也得先对vsap进行编译?
    第五,前天把以前用gaussian算过得过渡态,有机小分子得,用vasp自带得neb方法找,images=8,都找不到。考虑到vasp不善于计算有机小分子,昨天用vasp自带的neb计算金属Pd分解氢气得过渡态NSW=250,都没有给出结果。

  • 蜜瓜呱呱

    先用NEB粗跑,得到大概的过渡态结构图,再用dimer

  • hakuna

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by majun04 at 2017-11-07 18:32:33
    谢谢你的回复
    请问,这个自带的neb是应该怎么调用?您能帮我写一个INCAR吗?
    还有就是如果我想知道一下我用的服务器上有没有编译好CNEB,请问应该怎么测试一下啊,或者输入什么命令看一下才好。

    我现在是想着节 ...

    1.不建议用VASP自带的NEB,找TS命中率不理想(VASP自带的TS搜索方法只有NEB和DIMER,其它都是第三方的)
    2.建议CINEB,或VASP新版自带的DIMER(和VTST的dimer不同,这个手册里有详细使用说明,不需要MODCAR!)
    3.是否加入VTST,你可以查一下编译时源代码里有没有VTST里的文件,或问一下编译的人,或按CINEB跑一下,查OUTCAR里关于NEB的信息,是否有CINEB
    4.NEB类的方法需要并行,且计算核心数一定是插入image的倍数;dimer、lanczos(VTST)不需要并行,单个核心就可以算
    5.用VTST的TS搜索方法,要好好消化一下Henkelmann网站上的说明,采用力收敛标准时,不同TS优化方法有不同参数组合
    6.Henkelmann也分享了许多python脚本,很实用,他网站上可直接下载
    7.网上有许多CINEB使用的例子,可以下来参考
    8.Henkelmann主页上有一个论坛链接,注册一下,可以看到许多VTST的讨论

  • majun04

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by hakuna at 2017-11-19 20:43:27
    1.不建议用VASP自带的NEB,找TS命中率不理想(VASP自带的TS搜索方法只有NEB和DIMER,其它都是第三方的)
    2.建议CINEB,或VASP新版自带的DIMER(和VTST的dimer不同,这个手册里有详细使用说明,不需要MODCAR!)
    ...

    谢谢你,现在用的是DIM,想给你评分,不知道怎么给啊

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