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diamond画图求助-黑白横纹椭球图

作者 vividhu
来源: 小木虫 700 14 举报帖子
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本人新手一枚,晶体已经解析完了,最近在画图及相关具体数据的分析,其中有几个问题,麻烦大家帮忙看下。
1、我想得到如图1的黑白的横纹椭球图,但是我自己用diamond作图只能得到如图2的彩色的,而且椭球的剖面部分也不是横纹的那种,不知道这个怎么设置啊,求帮助啊。
diamond画图求助-黑白横纹椭球图
图1
diamond画图求助-黑白横纹椭球图-1

图2
2、关于分子内氢键和分子间氢键的,以下是我用planton计算得到的共11个氢键,这些氢键都对吗,都需要找出来吗?
Nr Typ Res Donor-- H....Acceptor [ ARU  ]      D - H      H...A      D...A          D - H...A    A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1 Intra 2 N(1)  --H(1)   ..O(3)  [             ]    0.89(3)    2.06(3)   2.778(3)     138(2)
2       2 N(1)  --H(1)   ..O(6)   [  2666.01]    0.89(3)    2.50(3)   3.233(3)     141(2)'  80.3(11)'              359(3)
3       2 N(2)  --H(2)   ..O(6)   [  1565.01]    0.88(3)    2.25(3)   3.088(3)     158(3)
4 Intra 1 N(3)  --H(3)   ..O(6) [               ]    0.89(2)    2.16(2)   2.825(3)    131.3(18)
5       1 N(3)  --H(3)   ..O(3)   [  2666.02]    0.89(2)    2.33(2)   3.110(3)    146.4(19)'   82.3(8)'              360(3)
6       1 N(4)  --H(4)   ..O(6)   [  2756.01]    0.92(2)    2.29(2)   3.188(3)    165.8(18)

7 Intra 2 C(6)  --H(6B)  ..O(2)   [            ]       0.96       2.43   3.015(4)        119
8 Intra 2 C(6)  --H(6C)  ..N(2)   [            ]       0.96       2.42   2.790(4)        102
9       2 C(11) --H(11)  ..O(2)   [  1556.02]       0.93       2.55   3.476(4)        171
10 Intra 1 C(18) --H(18A) ..N(4)   [          ]       0.96       2.31   2.768(3)        108
11 Intra 1 C(18) --H(18B) ..O(5)   [          ]       0.96       2.59   2.997(4)        106  

Translation of ARU-Code to CIF and Equivalent Position Code
===========================================================
   [  2666.] = [  2_666] =1-x,1-y,1-z
   [  2756.] = [  2_756] =2-x,-y,1-z
   [  1565.] = [  1_565] =x,1+y,z
   [  1556.] = [  1_556] =x,y,1+z

[ Last edited by vividhu on 2013-12-18 at 10:01 ] 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • vividhu

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by forever1706 at 2013-12-18 10:35:34
    目测图1是shelxtl画的,如果非要这个样子的图,建议用shelxtl。用Diamond的选项更丰富,非要改成这个样子也得折腾一阵,还不一定完全一样。picture--atom design,  改原子;picture--bond design,改键;picture--l ...

    非经典氢键讨论的应该不是很多,不过作为一个存在的数据还是需要摆到文章里的,书上说这种CH-N/O键应该在3.2-4.0A,根绝这样的话,是不是7、8、10、11氢键都要删除呢

  • Nocturne

    用Mercury画不就得了,还简单,有机分子最好用Mercury
    把style:Ellipsiod,
    Manage styles: ORTEP
    很简单

  • wbulu

    上面那个椭球图要么用shelxtl画,但是很多人都已经不会了,主要是太久不用,忘记了,另外可以用diamond2画出这种效果。3没试过,好像不行。

  • brillianta

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by Nocturne at 2013-12-18 19:43:25
    用Mercury画不就得了,还简单,有机分子最好用Mercury
    把style:Ellipsiod,
    Manage styles: ORTEP
    很简单

    我以前发现过这个功能,但是貌似像素不高。。。不是很清晰

  • cluster8676

    上面是经典的Ortep图,就用ORTEP 3画就行了,可以画的很清楚,也可以是彩色的。

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