diamond画图求助-黑白横纹椭球图
本人新手一枚,晶体已经解析完了,最近在画图及相关具体数据的分析,其中有几个问题,麻烦大家帮忙看下。
1、我想得到如图1的黑白的横纹椭球图,但是我自己用diamond作图只能得到如图2的彩色的,而且椭球的剖面部分也不是横纹的那种,不知道这个怎么设置啊,求帮助啊。
图1
图2
2、关于分子内氢键和分子间氢键的,以下是我用planton计算得到的共11个氢键,这些氢键都对吗,都需要找出来吗?
Nr Typ Res Donor-- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ)
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1 Intra 2 N(1) --H(1) ..O(3) [ ] 0.89(3) 2.06(3) 2.778(3) 138(2)
2 2 N(1) --H(1) ..O(6) [ 2666.01] 0.89(3) 2.50(3) 3.233(3) 141(2)' 80.3(11)' 359(3)
3 2 N(2) --H(2) ..O(6) [ 1565.01] 0.88(3) 2.25(3) 3.088(3) 158(3)
4 Intra 1 N(3) --H(3) ..O(6) [ ] 0.89(2) 2.16(2) 2.825(3) 131.3(18)
5 1 N(3) --H(3) ..O(3) [ 2666.02] 0.89(2) 2.33(2) 3.110(3) 146.4(19)' 82.3(8)' 360(3)
6 1 N(4) --H(4) ..O(6) [ 2756.01] 0.92(2) 2.29(2) 3.188(3) 165.8(18)
7 Intra 2 C(6) --H(6B) ..O(2) [ ] 0.96 2.43 3.015(4) 119
8 Intra 2 C(6) --H(6C) ..N(2) [ ] 0.96 2.42 2.790(4) 102
9 2 C(11) --H(11) ..O(2) [ 1556.02] 0.93 2.55 3.476(4) 171
10 Intra 1 C(18) --H(18A) ..N(4) [ ] 0.96 2.31 2.768(3) 108
11 Intra 1 C(18) --H(18B) ..O(5) [ ] 0.96 2.59 2.997(4) 106
Translation of ARU-Code to CIF and Equivalent Position Code
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[ 2666.] = [ 2_666] =1-x,1-y,1-z
[ 2756.] = [ 2_756] =2-x,-y,1-z
[ 1565.] = [ 1_565] =x,1+y,z
[ 1556.] = [ 1_556] =x,y,1+z
[ Last edited by vividhu on 2013-12-18 at 10:01 ] 返回小木虫查看更多
非经典氢键讨论的应该不是很多,不过作为一个存在的数据还是需要摆到文章里的,书上说这种CH-N/O键应该在3.2-4.0A,根绝这样的话,是不是7、8、10、11氢键都要删除呢
,
用Mercury画不就得了,还简单,有机分子最好用Mercury
把style:Ellipsiod,
Manage styles: ORTEP
很简单
上面那个椭球图要么用shelxtl画,但是很多人都已经不会了,主要是太久不用,忘记了,另外可以用diamond2画出这种效果。3没试过,好像不行。
我以前发现过这个功能,但是貌似像素不高。。。不是很清晰
上面是经典的Ortep图,就用ORTEP 3画就行了,可以画的很清楚,也可以是彩色的。