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求助,提到了DNA,但是PCR扩不出来

作者 starseeker
来源: 小木虫 850 17 举报帖子
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因为实验需要,使用的是大麦的种子而非叶片提取DNA,提完DNA后跑了下电泳,能看到很明显的条带。

但是做了几次退火温度和引物浓度梯度都扩不出来,只有引物二聚体,换了引物后还是这样......在看电泳图分析的时候我发现加了DNA模版与阴性对照相比,连引物二聚体都显得特别暗,现在初步怀疑是DNA模板的问题,请问各位在DNA提取和PCR的过程中,容易残留哪些东西会导致PCR抑制的?有没有相关的解决方法?
顺便贴一下我的DNA提取步骤,大家帮忙参考下,谢谢

1) 30 ~ 60 mg样品在液氮中研细后转入1.5 ml Eppendorf离心管中,加入500 μl TES;加50 ~ 100 μg Proteinase K混匀,置于55 ~ 60 ℃水浴30 ~ 60 min,期间轻轻混匀几次;
2) 用5 M的NaCl溶液调节盐浓度至1.4 M,加1/10体积的10 %CTAB,置于65 ℃水浴10 min;
3) 加入等体积的酚,氯仿,异戊醇,0 ℃孵育30 min
4) 4 ℃,13000 g离心,取上清液至1.5 ml离心管中,加入等体积氯仿,异戊醇混匀,0 ℃孵育30 min以上,4 ℃,13000 g离心;
5) 取上清,加3 μl RNase A,37 ℃水浴30 min,去除RNA;
6) 加0.6体积的预冷异丙醇,-20 ℃放置15 ~ 30 min;
7)  4 ℃,13000 g离心,弃异丙醇,70%乙醇洗2次。室温干燥,50 μl ddH2O溶解。

[ Last edited by starseeker on 2012-10-22 at 16:05 ] 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • chui2004

    引物可以设计长一些,提高退火温度试一试!

  • starseeker

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by chui2004 at 2012-10-22 16:07:58
    引物可以设计长一些,提高退火温度试一试!

    引物分别是20和21bp,我换过引物,应该不是这个问题
    退火温度我从50~65都试过,不行......

  • jiaolichao

    我感觉你DNA提取的还不错了,一般影响pcr扩增的是蛋白,多酚,多糖等;
    还有你没有说清楚你用的什么引物,是自己设计的,还是文献上查到的?你确定你所选用的引物与目的基因匹配吗?

  • juzilesley

    你的扩增体系能否让我们看看?还有,你用的什么试剂盒?换管酶试试? *^o^*

  • starseeker

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by jiaolichao at 2012-10-22 17:13:14
    我感觉你DNA提取的还不错了,一般影响pcr扩增的是蛋白,多酚,多糖等;
    还有你没有说清楚你用的什么引物,是自己设计的,还是文献上查到的?你确定你所选用的引物与目的基因匹配吗?


    谢谢你的回复,这是我的引物,是根据大麦的醇溶蛋白B1用NCBI设计的,一开始我也怀疑是引物问题,所以换过引物,这是第二次设计的...都扩不出来,所以我怀疑是我的模版不好
    现在我缺乏阳性对照,所以没办法很好的验证引物,我考虑使种子发芽后用幼苗提取DNA再试一次

  • starseeker

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by juzilesley at 2012-10-22 17:18:45
    你的扩增体系能否让我们看看?还有,你用的什么试剂盒?换管酶试试? *^o^*

    谢谢你的回复,DNA我是手提的,酶是TAKARA的,因为我前面刚做的另一个玉米样品扩出条带了,所以觉得试剂应该没问题,不过的确也有可能

  • starseeker

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by jiaolichao at 2012-10-22 17:13:14
    我感觉你DNA提取的还不错了,一般影响pcr扩增的是蛋白,多酚,多糖等;
    还有你没有说清楚你用的什么引物,是自己设计的,还是文献上查到的?你确定你所选用的引物与目的基因匹配吗?

    蛋白和多酚污染可以用氯仿:异戊醇除去对吗?那请问多糖有什么很好的办法去除呢?

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