我感觉主要是你的方法的问题，一个HF一个DFT。

是否涉及到构型反转，如果是的话应该考虑对称性破缺

最好使用DFT吧，现在HF很不受认可的，算出来结果论文也不好发

HF属于从头算方法，在解薛定谔方程时采用的是数学近似，而DFT是密度泛函理论，在以泛函对薛定谔方程进行求解。并且由于DFT包含了电子相关，所以它的计算结果要比 HF 方法好，计算速度也快。

HF和DFT计算出来的结构不一样和正常。现在大部分期刊不认HF算法，因为它不太准确，一般都用的是B3LYP比较准确。
HF/6-31G(d)      频率校正因子：0.8929                零点能校正因子：0.9135
B3LYP/6-31G(d)                        0.9613                                           0.9804                     
所以说相同基组下B3LYP算法更准确一些，

b3lyp都快过时了，还用hf？建议b3lyp,m062,wb97x,