引物设计问题，求助。不同的标准序列。
我做的是动物病毒的PCR扩增，现在准备根据一个全长1100左右的ORF扩增200-300的片段。
现在我在NCBI上查到4个标准毒株，或者说发表的比较早的，全基因的毒株，分别标记为A、B、C、D
我采用Premier6.0进行设计引物，4个毒株参数一致的情况下，分别得到一个评分最高的引物。记为A1、B2、C3、D4。
现在的问题就是，我采用NCBI的 premier-blast去验证，用A1引物可以扩增A、C；B2引物可以扩B、D。C3只能扩C。D可以扩A和D
所以，我想知道的，我该如何取舍引物？还是全部都合成拿去试试。
但是全部合成是否会存在，我无法扩增我分离的地方毒株？而且地方毒株的种类很多，我是处理临床样本去鉴定，会不会存在无法扩增的临床样本。
非常感谢！
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没有人吗？
相对比四个序列的同源性，在高度一致的区域设计引物不更好吗？
同源性分析都在98%以上，隔一段就出现1个2个碱基的变化。有一个标准株的碱基变化更多，根据他设计出来的，对其它3个都没有用
，
全长1100多点，没有那个部分都一样呢，我限制了引物的位置，就不会出现结果。
我在一个CDS设计的
我一般几个毒株进行序列比对，然后截取同源性相同或者高的地方