前两个问题楼主应该问问导师更快点…
1.你用软件建立的模型是你人为添加上去或者建模软件根据被接部分原子与相接基团的构型而来，没有考虑整个系统内原子之间的相互作用情况。模型建完了不会自己朝着能量最低的方向自己变化，需要用结构优化来得到尽量接近实际情况的体系与结构。  那么我不做结构优化会怎样？结构决定了性质，优化与否的结构得到性质会差很多。计算的模型就是要尽量往已有的现实性质靠再在此基础上发展衍生，你的结构理论上不对，那么与实际差太多，就完全没有可以使用的价值。
2.正常。移动的距离取决于你模型构造的合理性。初试结构越合理，收敛越快，移动距离越小。
3.（没做过动力学，只知道一丢丢）退火是作分子动力学需要用到的，实际就是模拟提供一个温度来作模拟动力学计算，最后再降温。

层主新人…请轻拍…

，