【求助/交流】PCR产物测序,与推测相差50bp,why?
我设计兼并引物,根据相近物种的序列,推测pcr产物的长度应该大于260bp,点用结果显示大于250bp,但是测序结果却只有205bp,并且找不到上游引物,下游引物也不是十分完整,怎么回事? 返回小木虫查看更多
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我设计兼并引物,根据相近物种的序列,推测pcr产物的长度应该大于260bp,点用结果显示大于250bp,但是测序结果却只有205bp,并且找不到上游引物,下游引物也不是十分完整,怎么回事? 返回小木虫查看更多
你有没有根近源基因序列比对一下,看看同源性高吧;Blast下看看吧。。。
估计你的很可能是是单引物扩增。。。
是直接PCR产物测序还是连载体之后测序?
如果是直接测序的话,可能是有其他的引物结合位点,而且开头几个碱基也测不准
如果是后者
载体上通用引物和你的PCR引物离得多远?
要是离得比较远的话,PCR引物找不到就有问题了,多挑几个克隆侧,
我直接测序的PCR产物,blast结果不好,重复之间才89%,跟同一目的已知物种比对,相似的都小于40bp。
[ Last edited by 飘在海上的雪 on 2010-6-28 at 08:30 ]