个人建议 M062x/cc-pVDZ 或者TZ也可以

确实弱相互作用是B3LYP两大软肋之一 （另一个是算charge transfer 激发态）。
审稿人这样说 基本就是要重新算了。。。。

弱相互作用最好加上色散 矫正，也就是 DFT-D类得方法 比如 B3LYP-D3 用法就是 后面加上 B3LYP 语句后面 加上句EmpiricalDispersion=GD3  这个几乎增加多少要计算量。当然还有更好的泛函比如楼上说的M06-2x 这个不加色散矫正就挺好了 当然也可以加上用M06-2x-D3结果会更好。再有就是可以试试 wB97XD。 要是计算资源足够就用双杂化泛函 B2PLYP-D3 结果可能更好，但是会慢很多 这样revise可能时间来不及了
至于基组 我觉得至少也用到triple zeta级别也就是6-311G+（d,p）

上一贴 有个错字 说B3LYP那里   应该是 EmpiricalDispersion=GD3 几乎不增加多少计算量

http://sobereva.com/214

计算之前按说应该选择好泛函的，你为什么选择B3lyp。我感觉研究弱相互作用需要加入色散矫正的。b3lyp不合适。
但是，如果换泛函，你的计算应该是推倒重做了，比较麻烦。
问题比较棘手，我也不知道如何。
个人见解

基本只能换泛函重新做，也不难，拿原来优化好的结构在新的泛函和基组下重新优化很快的。至于考虑色散，建议先看一下SOB老师的博文，以后也不至于选泛函不合理：
DFT-D色散校正的使用：http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D：http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道：http://sobereva.com/214，