继续求助A类错误的解决方案,结构精修的问题!——感谢各位老师们
小白最近一直在学习精修;遇到的问题很多,百度,小木虫都给了很多帮助,无奈,问题总是有,所以继续求解,感谢各位老师耐心指导
情况具体是这样的:
和上次求助的一个系列的结构,初步解析好了,也精修得还好,而且都加了氢;残峰在2左右;那么我就想肯定需要把这些残峰指认为溶剂(此处溶剂为水或者乙醇);其实不指认的时候,解析的问题都不大,shift在0,gof在1.05,Rint 2.08%,R1 7%,omit了8个点,不算多,但是A错误提示有“_diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 ”这个问题;还有问题就是残峰的问题“ Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report”
然后我就按照自己的理解,开始指认残峰为溶剂峰,各种C和O加上去之后,怎么shift gof peak值全部都变得更加错误?想请教各位老师们,我的问题在哪里?下面是问题:
1。按照残峰大小次序,依次改为O或者C这样,但是若做椭球,椭球就尖得厉害,删除反而数据更好;但是残峰不指认也不对,此时该做什么修正?
2. 指认残峰之后,如果添加anis命令,暂时可以把数据修好得一点点,但是加氢之后又废掉;此时我需要做什么改进?
3. 最重大的一个问题是,不指认残峰的时候,各个原子都正常显示;当指认了残峰之后,原先解好的原子(C、N等)周围出现 1. 几的q峰;然后我指认这些q峰为C、N,并且把占有率分配好,和原先已经解好的C、N合作成一个原子,但是我发现这个处理方式有问题,因为越指认和越分配占有率,就会出现越来越多的类似q峰在越来越多的已解好的原子周围出现。。。所以我觉得虽然这样处理可以一定程度让数据满意,但是肯定是不对的方法;此时我该怎么样处理呢?之前一个结构的金属原子周围也是不断出现邻得很近的2-3左右的q峰,也是按照占有率的处理不得解法,所以此处一并请教老师!
附上指认残峰之后的a错误
Alert level A
EXPT005_ALERT_1_A _exptl_crystal_description is missing
Crystal habit description.
The following tests will not be performed.
CRYSR_01
ABSTY03_ALERT_1_A The _exptl_absorpt_correction_type has been given as none.
However a value has been given for _exptl_absorpt_process_details.
From the CIF: _exptl_absorpt_process_details SADABS-2008/1 (Bruker,200
PLAT029_ALERT_3_A _diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 Note
PLAT201_ALERT_2_A Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report
PLAT241_ALERT_2_A High 'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of C6 Check
PLAT305_ALERT_2_A Isolated Hydrogen Atom (Outside Bond Range ??) H1AA Check
PLAT430_ALERT_2_A Short Inter D...A Contact O1 .. N1 .. 2.36 Ang.
And 2 other PLAT430 Alerts
ps 1. 最后一个2.36这行的错误,单纯的dfix O1 .. N1 距离无法解决
2. diffrn_measured_fraction_theta_full value Low . 0.924 Note
3. Isotropic non-H Atoms in Main Residue(s) ....... 58 Report 2和3的问题无论指认残峰与否都一直存在!
上次的结构非常感谢“我想更懂你29”和“leaves922”老师,现在继续求助各位老师!希望得到各位的帮助,多学习一点精修知识!附上结构文件
谢谢 @lich666
好歹给个ins吧。。。懒得从头解了。
hao
s算了,不用了。。。弄好了,没啥难度。新手建议好好多走几遍,熟悉软件。olex2还是比较适合新手的。
不让编辑贴子啊?我发一个到网盘吧
链接: https://pan.baidu.com/s/1kVebYqb 密码: pvaf @lich666
就是感谢楼上lich666老师,你的olex的说明性教程我看过了,很有帮助,就是在这个教程的指引下我立刻下了olex来修结构;之前的xp都不记得了,但是能不能麻烦您帮我解答一下问题?我的问题在哪里?问题见一楼,谢谢 @lich666
建议好好照我的教程把软件用熟了先
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可不可以告诉一下我,您对我的ins文件做了哪些修正和命令?非常感谢