本人并非生信出生，因为实验需要另补部分mRNA结构预测及分析的数据。自己摸索半天最后在Vienna RNA web上进行了RNA分析，但是给出的数据着实让我一头雾水，请大神指点。
       在输入序列后给出的Results for thermodynamic ensemble prediction 结果如下
   The free energy of the thermodynamic ensemble is -240.54 kcal/mol.
   The frequency of the MFE structure in the ensemble is 0.00 %.
   The ensemble diversity is 253.71.
    minimum free energy = -227.90 kcal/mol
   我尝试从给出的参考文献中查找，但是仍不清楚这几个参数具体表征什么，数值大小意味着RNA在折叠过程中有什么特性？
    附件中dot plot 是一种整体 base pair的图？
   最后给出mountain plot 有mFR，pf和centroid三个参数，对应着我所有的碱基位置，具体每个碱基数值的高低是指代什么？如果改变了其中几个碱基，数值改变又意味着什么呢？
   不好意思一口气问了这么多，希望有大神耐心回答， 金币可以追加么？


dot-plot.png



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