如何确定mRNA的非编码区
RACE后测序、拼接、获得全长；获得的序列在NCBI比对确定为目标基因。
测序得到了几条序列，其3’端均有a尾，但a尾后序列不同；通过DNAstar能基本确定其ORF和cDNA序列。
问题是：若要以DNA为模板，扩增目标基因全长（包括5‘/3’ -UTR和CDS），根据已获得的mRNA序列如何设计引物？
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若要以gDNA为模板，在不知道内含子在何处的情况下，我以前的做法就是把基因编码区的头（起始密码子开始）和尾（终止密码子开始）分别作为上下游引物的结合位点，因为这两个位置肯定是外显子的一部分，呵呵
至于5‘、3’-UTR，测出CDS序列后再反向PCR找两端
谢谢！在此请教：RACE扩增获得的cdna序列会得到很多个ORF，但怎么确定哪个是基因的cds？
我将dna翻译成aa，到终止符号位置，看翻译的哪段序列最大，再blast比对。但对于aa序列大小接近的，如何确定cds？非翻译区
，
请问 cDNA的反向PCR怎么做？谢谢