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RACE的引物设计问题

作者 zibeisha
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
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鄙人要扩增一个基因全长,目前已将中间片段扩增出来了,结果如下:ATGAGTCTTAGAGGACTGGGTGTAGATCCACGCTGTCGCTGCATTGAAACTGAGAGTCGACGCATTGGAAAACACATAGAGAGTGTGGAGCTCTTCCCTCCAAACTCACACTGTAAAGACACAGAGATCATTGCAACCCTGAAGATAACTGGGAAAGAGATCTGTCTGGACCCTACTGCACCCTGGGTTAAGAAAGTCAT 。请问各位大侠,如何根据这个中间片段设计3‘RACE和5’RACE引物,进行3‘RACE和5’RACE扩增? 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • free_zi

    首先, 应确定该中间片段在全长中的大概位置,距离5‘端和3’端大概还有多长?
    其次,你是否建有全长的race文库?
    最后,如果中间片段距离5‘和3’大小合适的话,直接依据中间序列设计完全匹配引物,以RACE文库为模板扩增即可

  • xmchen1015

    只要保证3`RACE,5`RACE扩增完后,两都之间有重叠区就可以,再就是注意设计的引物Tm值。

  • yananhl

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by free_zi at 2012-07-21 18:12:05
    首先, 应确定该中间片段在全长中的大概位置,距离5‘端和3’端大概还有多长?
    其次,你是否建有全长的race文库?
    最后,如果中间片段距离5‘和3’大小合适的话,直接依据中间序列设计完全匹配引物,以RACE文库为 ...

    如果扩出来的是单条带,但不是自己所要的基因是怎么回事呢?引物的问题吗?应该怎么设计呢?

  • 凤凰-涅磐

    高中学的真是小菜一碟,同情你。为你加油,相信你自己,可以做出来

  • wanghd2826

    正好最近也在做,和lz分享一下经验吧。
    1、长度大概23-28nt。不用太长,没啥用。
    2、高tm,尽量tm值高于65度,能上70也行,便于后边使用降落PCR。
    3、gc含量尽量接近50或更高。
    4、推荐使用pp5和oligo6,前者搜索,后者检测,虽然tm值相差会很大(pp5计算方法不如oligo精细),但无伤大雅。
    5、也可手动设计,就是单用oligo,寻找tm较高的区域,手动调整。
    6、如果片段较短,建议先进行3’,相对简单。之后得到3‘片段了,再在拼接起来的长片段上设计5’GSP。原因是5‘一般用试剂盒,对引物要求较高,尤其是用TAKARA的,如果引物设计不好,就是烧钱,片段长点,引物设计的选择余地就大。
    望对lz有用!

  • free_zi

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by yananhl at 2012-07-22 19:44:57
    如果扩出来的是单条带,但不是自己所要的基因是怎么回事呢?引物的问题吗?应该怎么设计呢?...

    应该是引物的问题,可能是引物和别的序列配对扩增,可以换个位置设计引物,同时尽量让引物的退火温度高一点,这样可以保证扩增时的特异性

  • yananhl

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by free_zi at 2012-07-25 11:27:58
    应该是引物的问题,可能是引物和别的序列配对扩增,可以换个位置设计引物,同时尽量让引物的退火温度高一点,这样可以保证扩增时的特异性...

    别人说做5'不用试剂盒的话,片断越短越好,不超过500最好,而且引物设计最好不要在保守片断内,我所做的基因5‘端是不到500,但是却在保守片断内,如果不在保守片断内就长于1000bp了。纠结了。做出来多条带是不是退火温度太低了,我用的退火温度是55度

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