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通过RT-PCR 获得了一段保守序列 接着如何设计RACE引物

作者 人生初见
来源: 小木虫 1050 21 举报帖子
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如题
我要做的是一个未知基因, 依据已知物种的 对比设计出了引物,做了RT-PCR获得了大约500bp的片段,现在要获得全长,做RACE。
kit 中说设计3‘和5’引物各为sense 和antisense 引物,我现在又个很纠结的问题,一般测序结果的序列是正链还是负链呢? 怎么知道测序结果是从5‘到3’ 还是从3‘到5’呢?然后怎么设计引物?
P.S.
我的电脑装的是win7  32位的,可以装PP5吗? 装了个PP6好像不好用

我是RACE新手   请教各位大虾!!! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • xuzhu598

    我最经也要做RACE,但也是新手呀,刚刚看了下3‘和5’RACE的原理和步骤,算是懂一点了,但不知道到时实验做起来会怎么样,祝我俩好运吧!

  • 人生初见

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by xuzhu598 at 2012-04-09 19:32:34:
    我最经也要做RACE,但也是新手呀,刚刚看了下3‘和5’RACE的原理和步骤,算是懂一点了,但不知道到时实验做起来会怎么样,祝我俩好运吧!

    那请问你的引物是如何设计的呢?一般测序结果的序列是正链还是负链呢?我很想知道这个问题的答案  谢谢

  • 人生初见

    怎么没有人回复呢  是问题太低级吗

  • linyanfei

    公司测序回来的结果都是由5‘到3’端的,你在设计3‘端和5’端的时候需要设计两个特异引物,做巢式PCR。3’端正向,5‘端为反向互补,满足引物设计原则就可以了

  • chenxiang29

    我跟lz也要做相同的东西,纯新手,希望以后交流。。。

  • xuzhu598

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 人生初见 at 2012-04-09 20:27:35:
    那请问你的引物是如何设计的呢?一般测序结果的序列是正链还是负链呢?我很想知道这个问题的答案  谢谢

    就是根据模板链设计的啊,测序结果都是正链,5‘到3’的!

  • 人生初见

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by linyanfei at 2012-04-09 21:48:50:
    公司测序回来的结果都是由5‘到3’端的,你在设计3‘端和5’端的时候需要设计两个特异引物,做巢式PCR。3’端正向,5‘端为反向互补,满足引物设计原则就可以了

    我用的是 PCR产物结果直接去测序的 也是5‘到3’吗?

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