当前位置: 首页 > 分子模拟 >【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗?如何选择?

【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗?如何选择?

作者 auybv
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
+关注

现在刚刚开始做分子动力学模拟,在这方面应该说还是初学者。我们实验室动力学以前一直都用Amber,但是我要做的体系太大了,导师说计算起来会非常的慢。尽管不会慢到难以接受的程度,但还是感觉花费的时间太多。老师曾经给我们提到过Gromacs和NAMD,当时只是说这两个功能强大,但是学起来特别难,建议我们把Amber掌握好了之后再慢慢学习。我最近听说这两个程序的计算速度比Amber快很多,是这样吗?如果确实快,对同样的体系能快多少?另外,如果跳过Amber,直接学习Gromacs或者NAMD是否可行?我需要计算的分子这三个程序都是可以很好的完成的。毕竟现在还缺乏这方面的基础,对相关的研究也还缺乏了解,所以想听听大家的意见。 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • yalefield

    Amber老了。
    NAMD和Gromacs还在茁壮成长。
    另外,Amber是收费的,NAMD和Gromacs是免费的、开源的。

  • auybv

    引用回帖:
    Originally posted by yalefield at 2010-10-25 08:42:59:
    Amber老了。
    NAMD和Gromacs还在茁壮成长。
    另外,Amber是收费的,NAMD和Gromacs是免费的、开源的。

    Amber我们实验室有,不需要再购买了,所以是免费还是收费关系不大。我关心的是计算速度以及学习的难度。毕竟我们老师用Amber已经很熟练了,出现问题随时都可以去请教。而如果用Gromacs和NAMD的话没有任何人可以辅导,只能我自己一点点的摸索。所以后两个程序如果在计算上能节省大量的时间,我可以考虑去学一下,否则还是先用Amber为好。目前正对这个比较头疼,所以想请教一下。

    [ Last edited by auybv on 2010-10-25 at 10:21 ]

  • yalefield

    引用回帖:
    Originally posted by auybv at 2010-10-25 10:17:46:
    Amber我们实验室有,不需要再购买了,所以是免费还是收费关系不大。我关心的是计算速度以及学习的难度。毕竟我们老师用Amber已经很熟练了,出现问题随时都可以去请教。而如果用Gromacs和NAMD的话没有任何人可以 ...

    有,不代表......

    合法拥有更重要,
    提醒一下莫偷笑。
    游戏规则早熟悉,
    国际舞台劈腿跳。

  • auybv

    引用回帖:
    Originally posted by yalefield at 2010-10-25 10:53:56:


    有,不代表......

    合法拥有更重要,
    提醒一下莫偷笑。
    游戏规则早熟悉,
    国际舞台劈腿跳。

    太有文采了。我说的“有”是合法的、拥有授权的。究竟计算速度如何呢?我只是听说NAMD和Gromacs算起来更快,比Amber能快多少?这样我也能预测一下整个课题大致需要多长时间。

  • zh1987hs

    引用回帖:
    Originally posted by auybv at 2010-10-25 13:39:45:

    太有文采了。我说的“有”是合法的、拥有授权的。究竟计算速度如何呢?我只是听说NAMD和Gromacs算起来更快,比Amber能快多少?这样我也能预测一下整个课题大致需要多长时间。

    同样的体系一般来说GMX是最快的,快多少是除非你三个软件都用过比较才能得知的,粗略的说,GMX>NAMD>AMBER,具体的时间和你的机器配置有关,我的体系20000+原子,GMX1天2NS,四核单机

  • fu19871111

    引用回帖:
    Originally posted by zh1987hs at 2010-10-25 13:44:13:

    同样的体系一般来说GMX是最快的,快多少是除非你三个软件都用过比较才能得知的,粗略的说,GMX>NAMD>AMBER,具体的时间和你的机器配置有关,我的体系20000+原子,GMX1天2NS,四核单机

    请问下你有gromacs教程不?  有的话能发份给我不?   madfushengq@163.com  谢谢

猜你喜欢
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流
  • 二维码
  • IOS
  • 安卓