MS自带的模型的晶格常数基本可以直接使用，所以楼主可以用第一种方法是正确的。
如果不知道衬底的结构，还是应该先优化下衬底再做真空层，研究表面问题，

都可以，，

两者都可以，但是个人认为最好是先优化再进行下一步。

我不用MS，也是个菜鸟，但建议楼主两种方法可以分别比较下(如果计算量不是很大），要是结果接近，可以取第一种方法。

建议楼主先优化，然后再进行下一步。

应该先优化吧

应该先优化，要不然下次假如要固定基底，就没法对其优化了