可以送测序，不过还是构建失败的可能性比较大，不知道你连接转化做过几次了
不太清楚你说的零背景克隆载体是什么意思

如果确定是零背景，至少背景质粒比较少，转化出来的菌落可以直接刮下来提取质粒，电泳看看目的位置是否有DNA，然后胶回收DNA进行PCR，提取到的质粒，即使含量很低，也可以再拿去转化，